See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2024-05-06 11:50:40 -0400 (Mon, 06 May 2024).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (57896)
2GenomeInfoDb (55886)
3BiocGenerics (54795)
4S4Vectors (54007)
5IRanges (50187)
6zlibbioc (49564)
7XVector (46849)
8Biobase (46665)
9Biostrings (44484)
10DelayedArray (42680)
11BiocParallel (41658)
12GenomicRanges (41253)
13MatrixGenerics (39083)
14SummarizedExperiment (37464)
15AnnotationDbi (36390)
16KEGGREST (34964)
17S4Arrays (34025)
18limma (31314)
19BiocFileCache (25545)
20biomaRt (23963)
21Rhtslib (23826)
22GenomicAlignments (23487)
23Rhdf5lib (22897)
24Rsamtools (22771)
25edgeR (22629)
26DESeq2 (21183)
27rtracklayer (20972)
28SparseArray (20055)
29ggtree (19763)
30GenomicFeatures (19697)
31rhdf5 (19466)
32treeio (19425)
33BiocIO (18951)
34rhdf5filters (18740)
35graph (18291)
36annotate (18096)
37clusterProfiler (17113)
38enrichplot (16939)
39DOSE (16734)
40qvalue (16667)
41GOSemSim (16382)
42fgsea (16231)
43DelayedMatrixStats (15944)
44sparseMatrixStats (15185)
45beachmat (15055)
46SingleCellExperiment (14455)
47preprocessCore (14040)
48ComplexHeatmap (13703)
49BSgenome (13318)
50genefilter (12970)
51HDF5Array (12383)
52multtest (12172)
53BiocSingular (11768)
54ScaledMatrix (11708)
55ProtGenerics (11512)
56AnnotationHub (10902)
57impute (10291)
58interactiveDisplayBase (10267)
59AnnotationFilter (10135)
60BiocNeighbors (10076)
61Rgraphviz (9857)
62ensembldb (9823)
63scuttle (9699)
64RBGL (9455)
65VariantAnnotation (9331)
66GEOquery (8955)
67GSEABase (8508)
68affy (8440)
69affyio (8304)
70geneplotter (7686)
71ExperimentHub (7345)
72sva (7014)
73scater (6665)
74BiocStyle (6287)
75ShortRead (6222)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

0

00TABLE (1)

1

1imma (1)

5

54vectors (0)

A

a4 (83)
a4Base (136)
a4Classif (111)
a4Core (158)
a4Preproc (176)
a4Reporting (113)
ABAData (1)
ABAEnrichment (11)
abaenrichment (0)
ABarray (70)
abc (1)
abc.data (0)
abe (0)
abind (1)
abseqR (52)
ABSOLUTE (0)
ABSSeq (112)
acde (61)
ACE (88)
ace.fma (1)
acepack (2)
aCGH (210)
ACME (81)
actuar (1)
ada (1)
adabag (1)
ADaCGH2 (71)
ADAM (110)
ADAMgui (89)
adaptest (5)
AdaptGauss (1)
adductData (1)
adductomicsR (55)
ade4 (4)
adegenet (1)
adegraphics (1)
adephylo (1)
ADGofTest (1)
ADImpute (68)
aditools (1)
adjustedCurves (1)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (29)
admixtools (0)
ADMM (1)
adSplit (66)
adverSCarial (24)
AER (1)
afex (1)
affio (0)
AffiXcan (55)
affxparser (1607)
affy (8440)
affycomp (92)
AffyCompatible (25)
affyContam (96)
affycoretools (393)
affydata (1)
AffyExpress (13)
affyILM (64)
affyio (8304)
affylmGUI (80)
affyPara (16)
affypdnn (14)
affyPLM (1251)
affyplm (0)
affyQCReport (19)
AffyRNADegradation (58)
AffyTiling (8)
AGDEX (66)
aggregateBioVar (64)
aggregation (0)
AGHmatrix (1)
Agi4x44PreProcess (4)
agilp (88)
AgiMicroRna (134)
agricolae (6)
AHMassBank (47)
AICcmodavg (1)
AIMS (429)
AIPW (1)
airpart (53)
airr (1)
airway (1)
akima (1)
alabama (1)
alabaster (43)
alabaster.base (287)
alabaster.bumpy (79)
alabaster.files (27)
alabaster.mae (88)
alabaster.matrix (248)
alabaster.ranges (232)
alabaster.sce (127)
alabaster.schemas (276)
alabaster.se (237)
alabaster.spatial (80)
alabaster.string (95)
alabaster.vcf (82)
alakazam (1)
ald (1)
ALDEx2 (1171)
aldvmm (1)
alembic (1)
alevinQC (78)
AlgDesign (1)
alkahest.generic (1)
ALL (10)
AllelicImbalance (100)
alluvial (1)
almanac (1)
AlphaBeta (51)
alphahull (1)
AlphaMissenseR (5)
alphashape3d (1)
alpine (50)
ALPS (5)
AlpsNMR (59)
alr4 (1)
alsace (16)
altair (1)
altcdfenvs (110)
amap (1)
AMARETTO (119)
ambient (1)
Amelia (1)
AmesHousing (1)
amgen.okta.client (1)
amgsafetyvis (1)
amlogger (1)
AMOUNTAIN (88)
amplican (76)
ampliQueso (11)
AnalysisPageServer (8)
anamiR (8)
Anaquin (58)
ANCOMBC (1202)
AneuFinder (87)
aneufinder (1)
AneuFinderData (0)
aneufinderdata (1)
ANF (47)
angrycell (1)
animalcules (110)
animation (2)
annaffy (270)
AnnBuilder (2)
annbuilder (0)
anndata (1)
annmap (113)
annotate (18096)
annotation (1)
AnnotationDbi (36390)
annotationdbi (1)
AnnotationFilter (10135)
AnnotationForge (2514)
AnnotationFuncs (17)
AnnotationHub (10902)
AnnotationHubData (370)
annotationTools (126)
annotatr (467)
anota (82)
anota2seq (74)
anRichment (1)
anticlust (1)
antiProfiles (58)
AnVIL (603)
AnVILBilling (47)
AnVILPublish (48)
AnVILWorkflow (38)
anytime (5)
aod (1)
APAlyzer (66)
apcluster (1)
apComplex (62)
APCtools (1)
ape (17)
apeglm (3384)
apexcharter (1)
APL (113)
aplot (31)
appgen (1)
applera (1)
appreci8R (97)
aqp (1)
archive (1)
ArchR (1)
argparse (10)
argus.DS.Credentials (2)
argusDS.apc.utils (2)
argusDS.backtesting.engine (2)
argusDS.data (2)
argusDS.data.engineering (1)
argusDS.data.preparation (2)
argusDS.data.preparation2 (3)
argusDS.data.visualisation (1)
argusDS.database (1)
argusDS.DataValidation (1)
argusDS.DB.manager.utilities (2)
argusDS.distributions (1)
argusDS.driver.importance (2)
argusDS.FCUtilities (1)
argusDS.FZ.SourceData (1)
argusDS.FZ.utils (1)
argusDS.gamboostLSS (1)
argusDS.gamlss.distributions (1)
argusDS.gamlss.forecast (2)
argusDS.gamlss.modelling (2)
argusDS.gamlss.smoothers (1)
argusDS.gamlss.testing (3)
argusDS.gamlss.utils (2)
argusDS.GlobalSettings (1)
argusDS.model.testing (1)
argusDS.model.tools (2)
argusDS.model.validation (1)
argusDS.modeldb (1)
argusDS.possibility.curves.daily (1)
argusDS.PossibilityCurves.db.utils (1)
argusDS.PossibilityCurves.utils (1)
argusDS.S3 (1)
argusDS.shiny.utils (2)
argusDS.signal.dataprep (1)
argusDS.smoothers (1)
argusDS.spread.trading.utils (2)
argusDS.Studio.APC (1)
argusDS.Studio.FC (1)
argusDS.Studio.MyStudio (2)
argusDS.Studio.permissions (1)
argusDS.Studio.utils (2)
argusDS.tabulator (1)
argusDS.trading.optimization (1)
argusDS.trading.performance (2)
argusDS.TradingSignals (1)
argusDS.UI (1)
argusDS.utilities (1)
aricode (1)
arm (1)
aroma.affymetrix (8)
aroma.apd (8)
aroma.core (8)
aroma.light (1961)
ArrayExpress (421)
arrayexpress (1)
ArrayExpressHTS (17)
arrayhelpers (1)
arrayMagic (2)
arrayMvout (56)
arrayop (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (94)
arrayQualityMetrics (509)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (17)
ArrayTV (15)
ARRmData (1)
ARRmNormalization (54)
arrow (17)
arsenal (1)
artMS (75)
arules (14)
ArvadosR (1)
ASAFE (46)
ASCAT (0)
ascii (1)
asciicast (1)
ASEB (54)
ASExtras4 (0)
ASGSCA (54)
ash (6)
ashr (2)
asht (1)
ASICS (78)
AsioHeaders (4)
askpass (150)
asmn (3)
asnipe (0)
ASpediaFI (8)
ASpli (102)
asremlPlus (1)
assert (1)
assertive (1)
assertive.code (1)
assertive.data (1)
assertive.data.uk (1)
assertive.data.us (1)
assertive.datetimes (1)
assertive.properties (10)
assertive.reflection (1)
assertive.strings (1)
assertive.types (10)
assertr (2)
assertthat (2)
AssessORF (51)
ASSET (103)
ASSIGN (104)
AssotesteR (1)
astsa (1)
ASURAT (60)
ATACCoGAPS (45)
ATACseqQC (342)
ATACseqTFEA (59)
ATE (1)
atena (110)
AtlasRDF (8)
ATR (1)
atSNP (66)
attachment (4)
attempt (1)
attract (69)
AUC (1)
AUCell (2129)
audio (1)
audited (1)
autonomics (52)
Autotuner (6)
av (1)
ava2 (1)
AWFisher (54)
aws (1)
aws.ec2metadata (1)
aws.s3 (6)
aws.signature (5)
awsMethods (1)
awst (52)
azcore (1)
Azimuth (1)
AzureAuth (1)
AzureGraph (4)
AzureRMR (4)
AzureStor (1)

B

BaalChIP (61)
babelgene (3)
babelmixr2 (1)
babelwhale (1)
babynames (1)
BAC (18)
backports (48)
bacon (101)
bacr (0)
BADER (65)
badger (0)
BadRegionFinder (53)
BAGS (56)
baguette (1)
bain (1)
BalancedSampling (1)
ballgown (647)
bambu (272)
bamsignals (1126)
BANDITS (109)
bandle (56)
Banksy (6)
banocc (65)
barcodetrackR (49)
BART (1)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base (1)
base2grob (1)
base64 (2)
base64enc (2)
base64url (1)
basecallQC (65)
basefun (1)
basemaps (1)
BaseSpaceR (60)
Basic4Cseq (60)
BASiCS (163)
BASiCStan (52)
BasicSTARRseq (58)
basilisk (4696)
basilisk.utils (4284)
batchelor (3779)
BatchJobs (1)
BatchQC (103)
batchtools (1)
battenberg (1)
BayesFactor (1)
BayesFM (1)
BayesianTools (0)
BayesKnockdown (49)
bayesm (9)
bayesmeta (1)
BayesPeak (16)
bayespeak (0)
BayesPen (0)
bayesplot (10)
BayesPostEst (1)
bayesQR (1)
BayesSpace (219)
bayestestR (3)
BayesX (1)
bayNorm (78)
baySeq (403)
bayseq (0)
BB (1)
BBCAnalyzer (55)
BBmisc (1)
bbmle (8)
bbotk (1)
bbr (1)
bbr.bayes (1)
BCEE (0)
bcellViper (1)
bcp (1)
BCRANK (67)
bcSeq (55)
BDgraph (0)
BDMMAcorrect (37)
bdsmatrix (6)
BE (1)
beachmat (15055)
beachmat.hdf5 (38)
beadarray (713)
beadarraySNP (57)
BeadDataPackR (673)
BeadExplorer (2)
beanplot (1)
BEARscc (50)
BEAT (58)
BEclear (64)
bedr (0)
beepr (1)
beer (57)
beeswarm (1)
bench (1)
benchdamic (79)
benchmarkme (1)
benchmarkmeData (1)
benchr (1)
BentoBox (0)
berryFunctions (1)
BERT (5)
Bessel (1)
bestglm (1)
bestNormalize (2)
betaHMM (4)
betareg (1)
betr (10)
bettermc (0)
bettr (3)
BeviMed (0)
bezier (1)
BG2 (40)
bgafun (13)
BgeeCall (49)
BgeeDB (122)
BGLR (1)
BGmix (28)
bgx (61)
BH (138)
BHC (85)
BIApylon (1)
BiasedUrn (12)
BIAutils (1)
bibtex (1)
BicARE (134)
biclust (1)
bife (1)
BiFET (53)
biganalytics (1)
bigassertr (1)
bigD (1)
bigdist (1)
BiGGR (65)
BIGL (1)
biglasso (1)
biglm (1)
biglmm (1)
bigmelon (58)
bigmemory (1)
bigmemory.sri (1)
bigmemoryExtras (14)
bigparallelr (1)
bigPint (42)
bigreadr (0)
bigrquery (15)
bigsnpr (0)
bigsparser (0)
bigstatsr (1)
bigutils (0)
bigutilsr (1)
billboarder (8)
bim (1)
BiMax (1)
BindingSiteFinder (58)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binGroup (1)
binman (1)
binom (1)
binr (0)
bio3d (3)
bioassayR (71)
biobank (1)
Biobase (46665)
biobase (1)
BioBase (1)
biobroom (180)
biobtreeR (47)
bioc::GenomeInfoDbData (0)
bioCancer (73)
BioCartaImage (22)
BiocBaseUtils (5143)
BiocBook (26)
BiocBookDemo (2)
BiocCaseStudies (15)
BiocCheck (1608)
biocDatasets (2)
BiocDockerManager (24)
BiocFHIR (43)
BiocFileCache (25545)
BiocGenerics (54795)
BioCGenerics (0)
biocGraph (162)
BiocHail (36)
BiocHubsShiny (77)
BiocInstaller (498)
biocinstaller (2)
BiocInstallerf (0)
BiocIO (18951)
BiocManager (172)
biocmanager (1)
BiocNeighbors (10076)
biocneighbors (1)
BiocOncoTK (73)
Bioconductor (1)
bioconductor (1)
bioconductor-geomxtools (0)
BioCor (81)
BiocParallel (41658)
BiocPkgTools (159)
biocroxytest (3)
BiocSet (247)
BiocSingular (11768)
BiocSklearn (70)
BiocStyle (6287)
biocthis (211)
BiocVersion (57896)
Biocversion (1)
biocversion (1)
biocViews (4225)
BiocWorkflowTools (178)
biodb (192)
biodbChebi (80)
biodbExpasy (44)
biodbHmdb (56)
biodbKegg (63)
biodbLipidmaps (44)
biodbMirbase (37)
biodbNcbi (47)
biodbNci (41)
biodbUniprot (48)
bioDist (254)
Biogenerics (1)
BioGenerics (1)
biom (0)
biomanager (1)
biomaRt (23963)
biomart (0)
biomartr (1)
BioMedR (3)
biomformat (5372)
BioMM (29)
BioMVCClass (55)
biomvRCNS (50)
BioNAR (57)
BioNERO (245)
BioNet (274)
BioNetStat (75)
BioPlex (4)
BioQC (113)
BioSeqClass (16)
biosigner (81)
biostat3 (1)
biostatR (1)
biostatUtil (0)
Biostring (1)
Biostrings (44484)
biostrings (0)
biosvd (13)
BioTIP (70)
biotmle (61)
biotools (1)
BioVersion (0)
biovizBase (5495)
BiplotML (1)
BiRewire (113)
birta (16)
birte (7)
biscuiteer (62)
biscuiteerData (1)
BiSeq (142)
bit (56)
bit64 (11)
bitops (7)
BitSeq (23)
bizdays (2)
bkbutils (1)
blacksheepr (54)
bladderbatch (1)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blima (53)
BLMA (70)
blme (6)
blob (98)
blockcluster (1)
blockForest (1)
blockmodeling (1)
blogdown (1)
BloodGen3Module (120)
bluster (4784)
BMA (1)
bmcite.SeuratData (1)
BMisc (1)
BMix (0)
bmp (1)
bnbc (111)
bnem (55)
bnlearn (1)
BOBaFIT (58)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (35)
Boom (1)
boomer (1)
BoomSpikeSlab (1)
boot (42)
bootstrap (1)
borealis (48)
Boruta (0)
botor (1)
box (8)
bpcp (1)
BPRMeth (88)
BPSC (1)
BradleyTerry2 (1)
BRAIN (107)
brainflowprobes (52)
brainImageR (2)
BrainSABER (8)
BrainStars (14)
branchpointer (70)
brave (1)
breakpointR (62)
breakpointRdata (1)
brendaDb (45)
brew (68)
BREW3R.r (2)
BRGenomics (155)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (1)
brickster (1)
bridge (17)
BridgeDbR (75)
bridgedist (0)
bridgesampling (1)
brio (58)
brms (1)
brmsmargins (1)
Brobdingnag (1)
broman (1)
broom (96)
broom.helpers (4)
broom.mixed (1)
broomExtra (1)
BrowserViz (170)
BrowserVizDemo (3)
bs4Dash (9)
BSgenome (13318)
bsgenome (0)
BSGenome (1)
BSgenome.Celegans.UCSC.ce2 (1)
BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3 (5)
BSgenome.Drerio.UCSC.danRer11 (1)
BSgenome.Ggallus.ENSEMBL.galGal6 (1)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (6)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (10)
BSgenome.Mmul10.SIVmac251 (1)
BSgenome.Mmulatta.NCBI.mmul10.tmp (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (7)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm39 (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
BSgenome.Omela.CUSTOM.oenMel1.1 (1)
BSgenomeForge (85)
BSgenomes (1)
bsicons (2)
bslib (243)
bsplus (1)
bsseq (1420)
bst (0)
bsts (1)
btergm (1)
BubbleTree (67)
BuenColors (1)
BufferedMatrix (89)
BufferedMatrixMethods (56)
bugsigdbr (165)
BUMHMM (48)
bumphunter (2694)
BumpyMatrix (546)
BUS (56)
BUScorrect (46)
BUSpaRse (192)
BUSseq (45)
butcher (2)
bvls (1)
BWStest (1)

C

C50 (1)
ca (5)
CAbiNet (1)
cache (1)
cachem (149)
CaDrA (24)
CAEN (40)
CAFE (70)
CAGEfightR (152)
cageminer (54)
CAGEr (113)
cAIC4 (1)
Cairo (11)
CALIB (14)
calib (0)
calibrate (1)
callr (113)
callthat (1)
calm (41)
CAM (1)
CAMERA (482)
campsis (1)
campsismod (1)
CAMTHC (4)
CaMutQC (2)
canceR (84)
cancerclass (75)
CancerInSilico (19)
CancerMutationAnalysis (15)
CancerSubtypes (122)
CAnD (10)
candisc (1)
canvasXpress (1)
caOmicsV (8)
caper (1)
capsidr (1)
capushe (1)
car (50)
carData (2)
cardelino (58)
Cardinal (160)
CardinalIO (98)
caret (45)
caretEnsemble (1)
CARNIVAL (153)
carrier (1)
casebase (1)
casper (59)
castor (1)
CATALYST (464)
catboost (1)
catdata (1)
Category (1928)
category (0)
categoryCompare (66)
caTools (4)
CATT (1)
causaldata (1)
CausalR (61)
cba (1)
cbaf (60)
CBEA (104)
cBioPortalData (445)
CBNplot (128)
cbpManager (50)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (9)
ccdrAlgorithm (1)
ccfindR (89)
ccImpute (46)
ccmap (75)
CCPlotR (30)
CCPROMISE (61)
ccrepe (86)
ccube (0)
CDI (22)
cdip.datastore (1)
CDr (0)
celaref (68)
celda (640)
CellaRepertorium (57)
CellBarcode (59)
cellbaseR (69)
CellBench (127)
CellChat (1)
celldex (1)
cellGrowth (13)
cellHTS (10)
cellHTS2 (205)
CelliD (247)
cellity (62)
CellMapper (58)
cellmigRation (44)
CellMixS (78)
CellNOptR (192)
cellnoptr (0)
cellranger (1)
cellscape (37)
CellScore (47)
CellTrails (53)
cellTree (14)
cellxgene.census (1)
cellxgenedp (100)
cem (1)
CEMiTool (136)
censcyt (60)
censored (1)
censReg (1)
Cepo (168)
ceRNAnetsim (43)
CeTF (78)
CexoR (59)
CFAssay (48)
cfdnakit (36)
cfDNAPro (53)
cfTools (41)
cgam (1)
cgdsr (1)
CGEN (61)
CGHbase (443)
CGHcall (406)
cghFLasso (0)
cghMCR (65)
CGHnormaliter (64)
CGHregions (77)
ChAMP (567)
ChAMPdata (1)
changepoint (1)
chanmetab (1)
CHARGE (6)
charm (14)
checkmate (133)
checkr (1)
ChemmineOB (337)
ChemmineR (908)
chemometrics (1)
CHETAH (94)
ChIC (21)
Chicago (89)
chihaya (52)
chimera (18)
chimeraviz (106)
ChIPanalyser (51)
ChIPComp (58)
chipenrich (158)
ChIPexoQual (61)
ChIPpeakAnno (981)
chippeakanno (0)
ChIPQC (330)
ChIPseeker (1775)
chipseeker (1)
chipseq (604)
ChIPseqR (84)
ChIPSeqSpike (9)
ChIPsim (86)
ChIPXpress (97)
chk (3)
chopsticks (87)
CHORD (0)
choroplethr (1)
chroGPS (13)
chromDraw (51)
ChromHeatMap (123)
chromote (5)
ChromoViz (2)
chromPlot (131)
ChromSCape (62)
chromstaR (86)
chromstaRData (1)
chromswitch (30)
chromVAR (1087)
chron (3)
CHRONOS (55)
cibersort (1)
cicero (212)
CIMICE (48)
CINdex (68)
cindex (0)
circlesize (0)
circlize (28)
circRNAprofiler (68)
CircSeqAlignTk (50)
circular (0)
cisPath (54)
CiteFuse (90)
Ckmeans.1d.dp (1)
clariomdhumancdf (1)
class (62)
ClassDiscovery (1)
ClassifyR (278)
classInt (30)
cleanrmd (1)
cleanUpdTSeq (102)
cleaver (192)
clevRvis (46)
cli (221)
CLIFF (1)
clinfun (1)
ClinicalQc (1)
clinPK (0)
ClinViz (1)
clippda (58)
clipper (98)
clipr (29)
cliProfiler (46)
cliqueMS (110)
clisymbols (1)
clock (27)
Clomial (51)
Clonality (33)
clonotypeR (19)
clst (90)
clstutils (58)
clubSandwich (1)
clue (36)
CluMSID (62)
ClustAll (2)
clustComp (54)
cluster (78)
clusterCrit (1)
clusterExperiment (349)
clusterexperiment (1)
ClusterFoldSimilarity (5)
clusterGeneration (3)
ClusterJudge (51)
clustermq (3)
clusterprofielr (0)
clusterProfiler (17113)
clusterprofiler (1)
ClusterProfiler (1)
ClusterR (1)
clusterRepro (0)
clusterSeq (35)
ClusterSignificance (52)
clusterSim (1)
clusterStab (78)
clusthaplo (0)
clustifyr (130)
ClustIRR (22)
clustMixType (1)
clustree (1)
clv (1)
clValid (1)
CMA (111)
cmapR (396)
CMAverse (0)
cmdstanr (1)
CMplot (1)
cmprsk (1)
CmsAnalytics (1)
cn.farms (62)
cn.mops (269)
CNAnorm (61)
CNAqc (0)
CNEr (3136)
CNORdt (63)
CNORfeeder (66)
CNORfuzzy (64)
cNORM (0)
CNORode (91)
CNPBayes (7)
CNTools (129)
cntools (0)
CNVfilteR (56)
CNVgears (30)
cnvGSA (61)
CNViz (50)
CNVMetrics (46)
CNVPanelizer (61)
CNVRanger (123)
CNVrd2 (60)
CNVtools (12)
coastr (1)
cobalt (2)
cobindR (13)
cobs (1)
CoCiteStats (51)
COCOA (66)
coda (12)
coda.base (1)
codelink (71)
codetools (38)
CODEX (102)
coexnet (14)
CoGAPS (244)
cogena (82)
cogeqc (65)
Cogito (43)
coGPS (53)
COHCAP (62)
coin (1)
cola (123)
collapse (1)
collections (1)
CollessLike (0)
colMeans (1)
coloc (16)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (10)
colorspace (47)
colortools (1)
colourpicker (8)
colourvalues (1)
cols4all (1)
comapr (59)
combi (55)
combinat (1)
coMET (93)
coMethDMR (52)
ComICS (0)
commentr (1)
common (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (136)
compareDF (1)
compareGroups (1)
compartmap (36)
COMPASS (72)
compcodeR (81)
compEpiTools (67)
CompGO (13)
compiler (1)
ComplexHeatmap (13703)
complexheatmap (1)
ComplexUpset (1)
compositions (2)
CompoundDb (350)
CompQuadForm (1)
ComPrAn (39)
compSPOT (19)
compute.es (1)
concaveman (1)
conclus (6)
concordexR (63)
condcomp (3)
condiments (84)
conditionz (1)
condMVNorm (1)
coneproj (1)
conf.design (1)
CONFESS (58)
config (19)
configr (1)
confintr (1)
conflicted (12)
confoundr (1)
connectwidgets (1)
conquer (2)
consensus (47)
ConsensusClusterPlus (2954)
consensusClustR (1)
consensusDE (64)
consensusOV (108)
consensusSeekeR (101)
consICA (105)
consort (1)
ConsRank (1)
CONSTANd (45)
contfrac (1)
contiBAIT (54)
conumee (152)
convert (145)
coop (1)
copa (55)
COPDSexualDimorphism (3)
copula (2)
CopyhelpeR (1)
copykat (1)
copynumber (151)
CopyNumber450k (7)
CopyNumberPlots (153)
CopywriteR (24)
coRdon (166)
CoRegFlux (3)
CoRegNet (50)
CoreGx (366)
Cormotif (53)
CorMut (13)
coRNAi (11)
corncob (1)
coro (1)
corpcor (2)
corpora (1)
corral (73)
correlation (1)
CORREP (55)
corrplot (3)
corrr (1)
coseq (110)
COSG (1)
CoSIA (44)
cosmiq (55)
cosmo (3)
cosmoGUI (3)
cosmosR (68)
COSNet (52)
COTAN (76)
CountClust (11)
countrycode (11)
countsimQC (137)
covEB (47)
coveffectsplot (1)
CoverageView (64)
coverageview (1)
covr (48)
covRNA (53)
CovSel (0)
cowplot (52)
coxme (1)
coxphf (1)
CoxPhLb (1)
coxphw (1)
cplm (1)
cpm (1)
cpp11 (188)
cpvSNP (54)
cqn (279)
cranlogs (1)
crayon (86)
crch (1)
createKEGGdb (1)
creatr (1)
credentials (36)
crew (2)
crew.cluster (1)
CRImage (77)
CRISPR.shinyapp (1)
CRISPRball (5)
crisprBase (156)
crisprBowtie (149)
crisprBwa (57)
crisprDesign (129)
crisprScore (162)
CRISPRseek (158)
crisprseekplus (31)
crisprShiny (3)
CrispRVariants (136)
crisprVerse (65)
crisprViz (113)
crlmm (239)
cronR (1)
crop (1)
crossdes (1)
CrossICC (3)
crossmatch (1)
crossmeta (150)
crosstable (1)
crosstalk (111)
crrri (0)
crrry (0)
crul (12)
CSAR (77)
csaw (585)
csawBook (4)
csdR (43)
csSAM (0)
CSSP (33)
CSSQ (45)
csv (1)
ctc (280)
CTdata (43)
CTDquerier (50)
CTexploreR (4)
ctgGEM (5)
ctmle (0)
cTRAP (58)
ctree (0)
ctsGE (53)
CTSV (48)
cubature (1)
cubelyr (0)
Cubist (1)
cummeRbund (235)
cummerbund (1)
CuratedAtlasQueryR (34)
curatedMetagenomicData (0)
curatedTCGAData (1)
curl (325)
customCMPdb (49)
customProDB (80)
cvar (1)
cvAUC (1)
CVE (6)
cvms (1)
CVST (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (0)
cyanoFilter (48)
cycle (58)
cyclocomp (17)
cydar (81)
cyphr (1)
cypress (2)
CytoDx (64)
cytofast (6)
cytofit (1)
cytofkit (25)
CyTOFpower (53)
cytofQC (49)
CytoGLMM (92)
cytoKernel (42)
cytolib (2786)
cytomapper (311)
CytoMDS (2)
cytoMEM (89)
CytoML (469)
CytoPipeline (84)
CytoPipelineGUI (19)
CytoTRACE (1)
CytoTree (17)
cytoviewer (87)

D

D0.db (0)
D2C (1)
d3Network (0)
d3r (1)
d3treeR (1)
dada2 (2166)
dae (1)
daff (1)
dagitty (1)
dagLogo (79)
DAISIE (1)
DALEX (1)
DALEX2 (1)
daMA (54)
DAMEfinder (52)
DaMiRseq (114)
DAPAR (126)
dar (4)
DART (60)
DASC (2)
DASiR (8)
dasnormalize.iomel (1)
dasper (22)
dastools (1)
data.table (178)
data.tree (11)
DatabaseConnector (1)
DataEditR (1)
DataExplorer (1)
dataMaid (1)
datamods (6)
DataOmnio (1)
datapasta (1)
datapipeline (1)
datasets (1)
DataVisualizations (1)
datawizard (5)
date (1)
DAVIDQuery (7)
dbaccess (1)
dbarts (1)
DBChIP (16)
DBI (154)
DBItest (1)
dblplyr (1)
dbplyr (129)
dbscan (5)
dbx (7)
dcanr (112)
DCATS (30)
DCchoice (1)
dcdatr (1)
dce (67)
dcGSA (48)
DChIPRep (9)
ddalpha (1)
DDCompanion (1)
ddCt (89)
ddgraph (10)
ddPCRclust (68)
deal (0)
dearseq (165)
debCAM (59)
debrowser (176)
debugme (1)
DECENT (1)
DECIPHER (2738)
decipher (1)
DecisionCurve (1)
deco (10)
DEComplexDisease (10)
decompTumor2Sig (123)
DeconRNASeq (213)
deconstructSigs (1)
decontam (1604)
decontX (79)
deconvR (63)
decor (1)
decoupleR (967)
DEDS (13)
Deducer (1)
DeepBlueR (50)
DeepPINCS (78)
deepregression (1)
deepSNV (160)
deeptime (1)
DEFormats (255)
DegCre (2)
DegNorm (55)
DEGraph (66)
degraph (0)
degreenet (1)
DEGreport (572)
DEGseq (160)
degseq (0)
Delaporte (1)
DelayedArray (42680)
DelayedDataFrame (60)
DelayedMatrixStats (15944)
DelayedRandomArray (84)
DelayedTensor (46)
deldir (43)
DELocal (44)
deltaCaptureC (50)
deltaGseg (51)
DeMAND (48)
DeMixT (94)
demuxmix (206)
demuxSNP (32)
dendextend (43)
DendSer (1)
dendsort (0)
densEstBayes (6)
densityClust (1)
densvis (3271)
DEoptim (1)
DEoptimR (24)
DEP (478)
DepecheR (149)
DepInfeR (42)
DeProViR (3)
DEqMS (218)
derfinder (580)
derfinderHelper (577)
derfinderPlot (147)
Deriv (1)
desc (113)
DEScan2 (62)
descr (1)
descsuppR (1)
DescTools (17)
DESeq (203)
deseq (0)
DESEQ (1)
DESeq2 (21183)
deseq2 (1)
designmatch (1)
DEsingle (248)
deSolve (37)
DESpace (50)
destiny (685)
DEsubs (57)
devEMF (1)
devtools (45)
devutils (1)
DEWSeq (57)
DEXICA (0)
DExMA (60)
DEXSeq (1477)
dexus (17)
dfidx (1)
dfoptim (1)
DFP (51)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (4)
DiagrammeRsvg (1)
DIAlignR (54)
dials (11)
DiceDesign (7)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (2)
did (1)
DiffBind (1035)
diffcoexp (178)
diffcyt (341)
diffdf (1)
DifferentialRegulation (50)
diffGeneAnalysis (50)
diffHic (105)
DiffLogo (61)
diffloop (30)
diffobj (3)
diffuStats (62)
diffUTR (46)
diffviewer (1)
digest (276)
diggit (51)
digitalDLSorteR (1)
dimRed (1)
Dino (52)
dinoR (3)
diptest (2)
dir.expiry (4194)
directlabels (1)
Director (41)
DirichletMultinomial (4408)
discordant (79)
DiscoRhythm (59)
DiscriMiner (0)
disk.frame (1)
distances (1)
distill (1)
distillery (0)
distinct (209)
distory (1)
distr (0)
distr6 (1)
distrEx (0)
distributional (12)
DistributionUtils (2)
distro (1)
dittodb (1)
dittoSeq (1333)
DiurnalMRI (1)
divergence (41)
diveRsity (0)
djvdj (1)
dks (47)
dlm (1)
dlookr (1)
dlstats (1)
dm (1)
DMCFB (39)
DMCHMM (49)
DMRcaller (78)
DMRcate (830)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (34)
DMRScan (45)
dmrseq (195)
DMwR (1)
DNABarcodeCompatibility (42)
DNABarcodes (166)
DNAcopy (5175)
dnacopy (1)
DNAfusion (45)
DNaseR (5)
DNAshapeR (72)
dndscv (0)
dnet (1)
do (0)
DO.db (7)
doBy (1)
dockerfiler (1)
docopt (6)
DoE.base (1)
DoEstRare (1)
doFuture (1)
domainsignatures (11)
doMC (2)
DominoEffect (53)
doMPI (1)
doParallel (19)
doppelgangR (118)
DOQTL (9)
doRedis (1)
doRNG (3)
dorothea (0)
Doscheda (56)
DOSE (16734)
Dose (1)
DoseFinding (1)
doseR (44)
doSNOW (1)
dotCall64 (6)
dotplot (1)
dotwhisker (1)
DoubletFinder (1)
doubletrouble (57)
downlit (34)
downloader (1)
downloadthis (1)
dparser (1)
DPClust (0)
dpclust3p (0)
dpeak (27)
dplyr (253)
dplyrb (1)
dqrng (32)
dr (0)
drake (9)
drat (1)
drawProteins (182)
drc (1)
DRDID (1)
dream (0)
dreamerr (1)
dreamlet (34)
drgee (1)
DRIMSeq (311)
DriverNet (55)
DropletUtils (2605)
drosophila2probe (1)
DRR (1)
drugTargetInteractions (56)
DrugVsDisease (117)
dSimer (7)
DSS (966)
dStruct (42)
DT (199)
DTA (85)
dtangle (0)
dtplyr (47)
DTRreg (0)
dttr2 (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (15)
duckdb (2)
duct.tape (1)
dummies (0)
Dune (44)
DupChecker (6)
dupRadar (102)
dwrPlus (1)
dyebias (56)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1246)
dynfeature (1)
dynlm (1)
dynplot (1)
dynpred (1)
dynsbm (1)
dynwrap (1)

E

e1071 (42)
earth (2)
easier (133)
EasyABC (0)
easyalluvial (1)
EasyCellType (50)
easyENTIM (1)
easylift (24)
easypar (0)
EasyqpcR (16)
easyreporting (48)
easyRNASeq (177)
easystats (1)
ebal (1)
EBarrays (221)
EBcoexpress (74)
EBImage (2665)
ebimage (1)
EBSEA (51)
EBSeq (410)
EBSeqHMM (54)
Ecdat (1)
Ecfun (1)
echarts4r (10)
ecodist (1)
ecolitk (56)
ECOSolveR (1)
EDASeq (1775)
edd (3)
EDDA (16)
edge (96)
edgeR (22629)
edger (1)
EDIRquery (36)
eds (335)
eegc (81)
effects (1)
effectsize (2)
EGAD (60)
egg (5)
egor (1)
EGSEA (137)
eha (1)
eiR (63)
eisa (14)
eisaR (100)
elasticsearchr (1)
ELBOW (14)
ellipse (44)
ellipsis (14)
elliptic (1)
ELMER (175)
ELMER.data (1)
emayili (1)
embed (1)
EMD (1)
emdbook (9)
emdist (1)
EMDomics (64)
emmeans (91)
EMMREML (1)
EmpiricalBrownsMethod (127)
emulator (1)
EMVS (1)
enc (0)
encode (1)
ENCODExplorer (8)
encryptr (1)
energy (1)
engitix.singlecell.db (1)
engitomixmk2 (0)
english (1)
EnhancedVolcano (4163)
enhancedvolcano (0)
enhancerHomologSearch (53)
EnMCB (47)
ENmix (198)
EnrichedHeatmap (550)
EnrichmentBrowser (553)
enrichplot (16939)
enrichPlot (1)
enrichR (1)
enrichTF (77)
enrichViewNet (32)
enrichwith (1)
EnsDb.Hsapiens.v75 (5)
EnsDb.Hsapiens.v79 (6)
EnsDb.Hsapiens.v86 (6)
EnsDb.Mmusculus.v79 (1)
ensembldb (9823)
ensemblVEP (163)
entropy (2)
envalysis (1)
ENVISIONQuery (13)
EnvStats (1)
Epi (1)
epialleleR (54)
EpiCluster (0)
EpiCompare (53)
epidecodeR (43)
EpiDISH (558)
epigenomix (57)
epigraHMM (52)
epihet (9)
EpiMix (43)
epimutacions (58)
epiNEM (140)
EpiNow2 (1)
epiR (3)
epiregulon (2)
epiregulon.extra (2)
epistack (48)
epistasisGA (38)
EpiStats (1)
epitools (1)
EpiTxDb (82)
epivizr (115)
epivizrChart (52)
epivizrData (126)
epivizrServer (145)
epivizrStandalone (61)
eq5d (1)
equatags (1)
equate (1)
equivalence (1)
erccdashboard (63)
ergm (1)
ergm.count (0)
ergm.multi (1)
erify (1)
erma (94)
errorlocate (1)
ERSSA (50)
esATAC (94)
escape (323)
escheR (104)
esetVis (75)
esquisse (2)
estimability (15)
estimatr (1)
estmeansd (1)
etm (1)
eudysbiome (44)
eulerr (1)
europepmc (1)
evaluate (304)
EValue (1)
evaluomeR (52)
evd (1)
EventPointer (61)
eventTrack (1)
EVMS (1)
EWCE (137)
ewfutils (1)
Exact (1)
exact2x2 (1)
exactci (1)
exactextractr (1)
exactRankTests (2)
excelR (1)
ExCluster (43)
ExiMiR (55)
exomeCopy (309)
ExomeDepth (1)
exomePeak (19)
exomePeak2 (101)
exonfindR (0)
exonmap (3)
ExperimentHub (7345)
ExperimentHubData (297)
ExperimentSubset (52)
expint (1)
explorase (13)
explore (1)
ExploreModelMatrix (148)
ExplorOMICS (1)
expm (17)
ExpressionAtlas (158)
ExpressionView (15)
exprExternal (1)
expsmooth (0)
expss (6)
externalVector (2)
extraChIPs (61)
extraDistr (6)
extrafont (2)
extrafontdb (1)
extraInserts (1)
extraoperators (1)
extraTrees (0)
extRemes (0)

F

faahKO (1)
fabia (176)
fable (1)
fabletools (1)
facets (0)
facopy (5)
factDesign (53)
factoextra (3)
FactoInvestigate (1)
FactoMineR (41)
Factoshiny (1)
factR (50)
faers (3)
fail (0)
fairhub.r.client (1)
fakepackage (1)
FamAgg (70)
famat (56)
fansi (219)
faraway (1)
farms (49)
farver (20)
fastcluster (3)
fastDummies (23)
fasterize (1)
fastGHQuad (1)
fastICA (7)
fastLiquidAssociation (55)
fastmap (67)
fastmatch (19)
fastmatrix (1)
FastqCleaner (81)
fastqcr (1)
fastreeR (66)
fastseg (742)
fastshap (1)
fasttime (1)
fastverse (1)
faux (1)
fauxpas (1)
fBasics (2)
fbat (3)
FCBF (53)
fCCAC (51)
fCI (48)
fcoex (81)
fcScan (50)
FD (1)
fda (9)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (5)
fdrame (50)
fdrtool (2)
fds (5)
FEAST (110)
feather (1)
FeatSeekR (41)
feature (6)
FedData (1)
fedup (46)
feisr (1)
FELLA (126)
FEM (23)
fenr (24)
fExtremes (4)
ff (32)
ffbase (0)
FField (0)
ffpe (68)
fftw (1)
fftwtools (1)
fGarch (4)
fgga (44)
FGNet (111)
fgsea (16231)
fido (1)
fields (4)
filehash (0)
filelock (51)
filesstrings (1)
FilterFFPE (43)
finalfit (1)
findIPs (2)
FindIT2 (52)
FindMyFriends (10)
findpython (10)
finetune (1)
fingerprint (1)
FISHalyseR (47)
fishHook (0)
fishMod (0)
fishpond (277)
fit.models (1)
fitdistrplus (17)
FitHiC (59)
fixest (1)
flagme (56)
flair (1)
FLAMES (74)
flashClust (1)
flexclust (1)
flexdashboard (2)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flexsurvcure (1)
flextable (18)
flipflop (13)
float (1)
flock (1)
flowAI (556)
flowBeads (59)
flowBin (66)
flowcatchR (54)
flowCHIC (57)
flowCL (19)
flowClean (209)
flowClust (840)
flowclust (1)
flowCore (2833)
flowcore (0)
FlowCore (1)
flowCut (98)
flowCyBar (51)
flowDensity (261)
flower (1)
flowFit (15)
flowFlowJo (6)
flowFP (152)
flowGate (65)
flowGraph (47)
flowMap (47)
flowMatch (67)
flowMeans (158)
flowMerge (134)
flowPeaks (176)
flowPhyto (5)
flowPloidy (62)
flowPlots (53)
flowQ (9)
flowQB (16)
FlowRepositoryR (9)
FlowSOM (1075)
FlowSorted.Blood.450k (1)
FlowSorted.Blood.EPIC (9)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (9)
flowSpecs (65)
flowSpy (4)
flowStats (524)
flowTime (60)
flowTrans (80)
flowType (15)
flowUtils (42)
flowViz (1053)
flowVS (98)
flowWorkspace (1285)
flowworkspace (0)
flowWorkspaceData (1)
flux (1)
fma (0)
fmcsR (258)
FME (1)
fmrs (115)
fmsb (1)
FMStable (1)
fmtr (1)
FNN (60)
fobitools (46)
focalCall (6)
foghorn (1)
FoldGO (33)
fontawesome (114)
fontBitstreamVera (1)
fontcm (1)
fontLiberation (1)
fontquiver (1)
forcats (20)
foreach (6)
forecast (5)
foreign (47)
forestmodel (1)
forestplot (1)
forestploter (1)
fork (1)
formatR (29)
formattable (1)
formatters (2)
Formula (13)
formula.tools (1)
forrester.metadata (0)
fortunes (1)
fossil (0)
FourCSeq (11)
fpc (2)
fpp (0)
fracdiff (3)
FragPipeAnalystR (1)
FRASER (105)
freetypeharfbuzz (1)
frenchFISH (38)
fresh (6)
FrF2 (1)
FRGEpistasis (53)
frma (149)
frmaTools (70)
fs (191)
FSA (1)
FScanR (24)
fst (1)
fstcore (1)
fTrading (1)
FunChIP (62)
FunciSNP (13)
fungible (1)
funkyheatmap (1)
funtooNorm (58)
furrr (12)
FuseSOM (49)
futile.logger (1)
futile.options (1)
future (129)
future.apply (97)
future.batchtools (1)
future.callr (3)
fuzzyjoin (1)
fwb (1)

G

g3viz (1)
GA (30)
GA4GHclient (106)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (61)
gada (0)
gaga (100)
gage (810)
gageData (1)
gaggle (50)
gaia (28)
gam (7)
GAMBLR.results (1)
GAMBoost (1)
gamboostLSS (2)
gameofthrones (1)
gamlss (2)
gamlss.add (1)
gamlss.data (1)
gamlss.dist (3)
gamlss.tr (0)
gamm4 (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapfill (0)
GAPGOM (8)
gapminder (1)
GAprediction (48)
garfield (52)
gargle (81)
GARS (55)
gaston (1)
GastrographPackage (1)
GateFinder (55)
gatom (26)
gaucho (11)
gausscov (1)
gbm (35)
gbRd (1)
GBScleanR (40)
gbutils (1)
gcapc (54)
gcatest (49)
gclus (1)
gCMAP (15)
gCMAPWeb (13)
gCrisprTools (57)
gcrma (1393)
GCS (1)
GCSConnection (5)
GCSFilesystem (6)
GCSscore (27)
gdata (17)
GDCRNATools (291)
gdistance (0)
gDNAx (38)
gDR (27)
gDRcore (70)
gDRimport (72)
gDRstyle (57)
gDRutils (92)
GDSArray (126)
gdsfmt (2092)
gdsx (1)
gdtools (38)
GeDi (2)
gee (1)
geecc (7)
geepack (5)
geigen (1)
geiger (0)
GEM (54)
gemini (47)
gemma.R (54)
gemtc (1)
GenABEL (2)
GenABEL.data (2)
genArise (52)
genbankr (132)
GENE.E (11)
gene2pathway (3)
GeneAccord (9)
GeneAnswers (25)
geneAttribution (50)
GeneBreak (67)
geneClassifiers (48)
GeneExpressionSignature (64)
genefilter (12970)
genefu (419)
GeneGA (41)
GeneGeneInteR (51)
GeneGroupAnalysis (3)
geneLenDataBase (10)
GeneMeta (97)
GeneNet (0)
GeneNetworkBuilder (72)
GeneOverlap (404)
geneoverlap (1)
geneplast (90)
geneplotter (7686)
GeneR (4)
GeneralizedHyperbolic (2)
geneRecommender (52)
GeneRegionScan (60)
GeneRfold (2)
generics (21)
geneRxCluster (52)
GeneSelectMMD (102)
GeneSelector (14)
GENESIS (339)
genesis (0)
GeneSpring (3)
GeneStructureTools (78)
geNetClassifier (146)
genetclassifier (1)
genetics (1)
GeneticsBase (3)
geneticsbase (0)
GeneticsDesign (13)
GeneticsPed (98)
GeneTonic (255)
GeneTraffic (3)
GeneTS (2)
geneXtendeR (106)
GENIE3 (1166)
genoCN (52)
GenoGAM (10)
genomation (624)
genomationdata (1)
genomationData (1)
GenomAutomorphism (37)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (18)
GenomeInfoDb (55886)
GenomeInfoDB (0)
GenomeInfoDbData (19)
genomeIntervals (178)
GenomelnfoDb (0)
genomes (62)
GenomicAlignments (23487)
genomicalignments (1)
GenomicDataCommons (1206)
GenomicDistributions (87)
GenomicDistributionsData (1)
GenomicFeatures (19697)
genomicfeatures (0)
GenomicFiles (1288)
genomicInstability (45)
GenomicInteractionNodes (44)
GenomicInteractions (344)
GenomicOZone (58)
GenomicPlot (40)
GenomicRanges (41253)
genomicranges (0)
genomicRanges (1)
GenomicScores (635)
GenomicSuperSignature (52)
GenomicTools (1)
GenomicTuples (47)
Genominator (15)
genoset (22)
genotypeeval (16)
GenoView (2)
genphen (9)
GenProSeq (38)
GenRank (6)
GenSA (2)
GenVisR (293)
geobr (1)
geodata (1)
GeoDiff (76)
geodiv (1)
GEOexplorer (57)
GEOfastq (60)
geohashTools (1)
geojson (1)
geojsonio (1)
geojsonlint (1)
geojsonsf (1)
GEOmap (6)
GEOmetadb (228)
geometadb (0)
geometries (15)
geometry (1)
geomorph (1)
geomtextpath (1)
GeomxTools (397)
GEOquery (8955)
geoquery (1)
GEoquery (1)
geoR (1)
geos (1)
GEOsearch (4)
geosphere (10)
GEOsubmission (54)
GeoTcgaData (60)
gep2pep (55)
gert (56)
gespeR (82)
gestalt (7)
gestate (1)
getDEE2 (45)
getip (1)
getopt (22)
GetoptLong (2)
getPass (2)
getSVCNVperGene0.94 (0)
gettz (1)
geva (40)
GEWIST (46)
gff3Plotter (2)
gfonts (1)
gg4way (23)
ggalluvial (1)
GGally (15)
ggalt (1)
gganimate (1)
GGBase (17)
ggbeeswarm (4)
ggbio (2143)
ggbreak (1)
ggchicklet (0)
ggcorrplot (2)
ggcyto (901)
ggdag (1)
ggdendro (10)
ggdensity (1)
ggdist (3)
gge (1)
ggeasy (1)
ggedit (1)
ggeffects (2)
ggExtra (4)
ggfittext (2)
ggforce (15)
ggforestplot (0)
ggformula (31)
ggfortify (2)
ggfun (36)
gggenes (1)
ggh4x (2)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggimage (1)
gginnards (1)
ggiraph (3)
ggiraphExtra (1)
ggkegg (140)
ggm (1)
ggmanh (107)
ggmap (32)
ggmosaic (1)
ggmsa (495)
ggnetwork (1)
ggnewscale (27)
ggnewscales (1)
ggokabeito (1)
GGPA (43)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (235)
ggplot2movies (1)
ggplotify (25)
ggpmisc (4)
ggPMX (1)
ggpointdensity (6)
ggpp (5)
ggprism (1)
ggpubr (20)
ggRandomForests (0)
ggrap2 (1)
ggraph (10)
ggraph2 (1)
ggrastr (8)
ggrepel (153)
ggridges (25)
ggsankey (1)
ggsc (31)
ggsci (55)
ggseqlogo (11)
ggside (3)
ggsignif (9)
ggspavis (131)
ggstance (1)
ggstats (2)
ggstatsplot (2)
ggsurvfir (0)
ggsurvfit (1)
ggtern (6)
ggtext (2)
ggthemes (9)
GGtools (19)
ggtree (19763)
ggtreeDendro (57)
ggtreeExtra (995)
ggtreeSpace (2)
ggvegan (1)
ggvenn (1)
ggVennDiagram (1)
ggvis (0)
ggwordcloud (1)
gh (56)
ghpm (1)
ghql (1)
gifski (1)
GIGSEA (42)
GillespieSSA (0)
ginmappeR (2)
gINTomics (1)
Giotto (1)
girafe (91)
GISPA (49)
git2r (32)
gitcreds (18)
gitlabr (1)
GLAD (230)
GladiaTOX (42)
glasso (0)
glassoFast (1)
glca (1)
gld (1)
Glimma (1232)
gllvm (0)
glmGamPoi (3717)
GLMMadaptive (1)
glmmADMB (0)
glmmML (1)
glmmTMB (2)
glmnet (19)
glmnetUtils (7)
glmperm (1)
glmSparseNet (139)
glmx (1)
GlobalAncova (984)
GlobalOptions (1)
globals (27)
globals, (1)
globalSeq (50)
globaltest (1716)
GloScope (21)
glpgStyle (0)
glpgTesteR (0)
glpkAPI (1)
glue (103)
gmailr (1)
gmapR (163)
gMCP (1)
GmicR (64)
Gmisc (1)
gmm (1)
gmnl (1)
gmodels (1)
gmoviz (49)
gmp (13)
GMRP (49)
gmthemes (1)
GNET2 (49)
gnm (1)
gnomAD (1)
GNOSIS (28)
GO.db (14)
goCluster (1)
GOdb (1)
godmode (1)
GOexpress (85)
goftest (1)
GOfuncR (285)
GOFunction (14)
golem (5)
golubEsets (1)
gomms (0)
gongs (1)
googleAuthR (1)
googleCloudStorageR (1)
googledrive (65)
GoogleGenomics (6)
googlesheets4 (72)
googleVis (1)
GOplot (0)
GOpro (117)
goProfiles (122)
GOSemSim (16382)
goseq (1212)
goshawk (1)
GOSim (127)
goSorensen (50)
goSTAG (57)
GOstats (1740)
gostats (1)
GOsummaries (60)
GOTHiC (86)
goTools (63)
gower (13)
GPA (47)
GPArotation (34)
gpart (15)
GPfit (1)
gplots (46)
gpls (165)
gprege (13)
gprofiler2 (2)
gpuMagic (48)
gQTLBase (11)
gQTLstats (10)
GrafGen (2)
gRain (1)
gralarkivar (1)
gramm4R (4)
GRaNIE (129)
granny (1)
granulator (115)
graper (45)
grapg (1)
graph (18291)
GraphAlignment (54)
GraphAT (54)
graphat (0)
GraphGallery (1)
graphics (1)
graphiQs (1)
graphite (2927)
graphlayouts (32)
GraphPAC (99)
graphql (1)
gRbase (1)
grDevices (1)
greekLetters (1)
Greg (1)
GRENITS (53)
greybox (1)
GreyListChIP (960)
grf (1)
grid (1)
gridBase (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (1)
gridpattern (1)
gridSVG (1)
gridtext (2)
grImport (1)
GRmetrics (80)
groHMM (65)
groupdata2 (1)
grpreg (1)
grr (1)
GRridge (17)
GSA (1)
gsalib (0)
GSALightning (50)
GSAR (86)
gsbDesign (1)
GSCA (57)
gscounts (1)
gscreend (43)
gsDesign (1)
GSEABase (8508)
gseabase (0)
GSEAbase (1)
GSEABenchmarkeR (78)
GSEAlm (75)
GSEAmining (62)
gsean (58)
GSgalgoR (44)
gsignal (1)
gsl (3)
gsmoothr (5)
gson (4)
gsrc (0)
GSReg (59)
GSRI (58)
gss (3)
gstat (1)
gsubfn (1)
GSVA (5783)
GSVAdata (1)
gsw (0)
gt (10)
gtable (139)
gto (1)
gtools (38)
gtrellis (127)
gtsummary (3)
gtx (0)
gubraqsar (1)
GUIDEseq (74)
Guitar (134)
GUniFrac (2)
gupio (1)
gUtils (0)
GUTS (0)
Gviz (3896)
GWAS.BAYES (47)
gwascat (600)
GWASExactHW (5)
gwasrapidd (1)
GWASTools (604)
gwasurvivr (79)
GWENA (174)
gWidgets (1)
gWidgets2tcltk (0)
gWidgetstcltk (1)
gypsum (79)

H

h2o (3)
h5vc (78)
HAC (1)
hal9001 (1)
HandTill2001 (1)
hapFabia (54)
haplo.stats (1)
HaploBlocker (1)
HaploSim (1)
haplotrackR (1)
hardhat (58)
HardyWeinberg (1)
Harman (165)
HarmonizR (32)
harmony (6)
Harshlight (66)
hash (2)
haven (87)
hca (61)
HCABrowser (4)
HCAExplorer (3)
HCAMatrixBrowser (3)
HCsnip (10)
HDCytoData (1)
HDF5Array (12383)
hdf5r (4)
hdi (1)
HDInterval (10)
hdm (0)
hdnom (1)
HDO.db (6)
hdrcde (6)
HDTD (46)
heatmap.plus (0)
heatmap3 (0)
heatmaply (14)
heatmaps (242)
Heatplus (397)
heemod (1)
HelloRanges (131)
HELP (55)
helperMut (0)
HEM (51)
heplots (1)
here (2)
hermes (91)
HERON (22)
Herper (157)
hexbin (18)
hexSticker (1)
hexView (1)
HGC (58)
hgu133a.db (0)
hgu133plus2.db (7)
hgu133plus2cdf (1)
hgu219.db (1)
hgu95a.db (1)
hgu95av2.db (1)
hgug4112a.db (0)
hiAnnotator (105)
HIBAG (125)
HicAggR (2)
HiCBricks (146)
hicbricks (0)
HiCcompare (287)
HiCDCPlus (73)
HiCDOC (102)
HiCExperiment (128)
HiClimR (1)
HiContacts (97)
HiCool (58)
hicrep (11)
hicVennDiagram (24)
hierfstat (0)
hierGWAS (53)
hierinf (41)
highcharter (1)
highlight (0)
highr (61)
highs (1)
HilbertCurve (80)
HilbertVis (171)
HilbertVisGUI (36)
HiLDA (67)
hipathia (125)
HIPPO (45)
hiReadsProcessor (56)
HIREewas (46)
HiTC (133)
hmdbQuery (70)
Hmisc (27)
HMMcopy (262)
hms (97)
Homo.sapiens (5)
hoodscanR (28)
Hoover (1)
hopach (306)
HPAanalyze (119)
hpar (274)
HPAStainR (18)
HPiP (46)
hrbrthemes (1)
HSAUR (1)
HSAUR2 (1)
HSAUR3 (1)
hsm (0)
HSMMSingleCell (1)
htmlTable (21)
htmltools (291)
htmlwidgets (219)
HTqPCR (169)
HTSanalyzeR (16)
HTSeqGenie (56)
htSeqTools (15)
HTSFilter (224)
htslib (1)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (3)
httptest2 (1)
httput (1)
httpuv (237)
httr (201)
httr2 (81)
HubPub (110)
huge (1)
HumanTranscriptomeCompendium (51)
hummingbird (44)
hunspell (4)
huxtable (2)
hwriter (2)
HWxtest (0)
HybridExpress (3)
HybridMTest (127)
hydroPSO (1)
hypeR (69)
hyperdraw (110)
hypergate (1)
hypergeo (1)
hypergraph (155)
hyperSpec (0)
hypred (1)

I

IAPWS95 (1)
iASeq (49)
iasva (47)
iatlasGraphQLClient (1)
iBBiG (120)
ibh (56)
iBMQ (46)
iBreakDown (1)
ica (2)
iCARE (106)
icenReg (1)
Icens (439)
icetea (50)
iCheck (51)
iChip (51)
ichorCNA (0)
iClusterPlus (326)
iCNV (51)
iCOBRA (164)
ICS (1)
ICSNP (1)
ICSOutlier (1)
ideal (115)
IdeoViz (64)
ideoviz (1)
idiogram (56)
IdMappingAnalysis (12)
IdMappingRetrieval (13)
IDPmisc (2)
idpr (63)
idr (0)
idr2d (49)
ids (1)
ieugwasr (0)
IFAA (48)
iFlow (3)
ifultools (1)
iGasso (1)
iGC (47)
IgGeneUsage (44)
igraph (131)
igraphdata (1)
igvR (105)
igvShiny (4)
iheatmapr (4)
IHW (712)
ijtiff (1)
Illumina450ProbeVariants.db (1)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (7)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (5)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (5)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 (5)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (5)
illuminaio (2906)
ILoReg (42)
imageHTS (23)
imager (2)
imagerExtra (0)
IMAS (55)
imbalance (1)
imcRtools (183)
Imetagene (8)
iml (0)
IMMAN (46)
immunarch (1)
ImmuneSpaceR (65)
immunoClust (62)
immunotation (46)
IMPCdata (46)
import (2)
ImpulseDE (6)
ImpulseDE2 (12)
impute (10291)
imputeTS (1)
IncDTW (1)
IncidencePrevalence (1)
INDEED (42)
ineq (0)
iNETgrate (34)
iNEXT (1)
infer (12)
infercnv (1053)
inferCNV (1)
infinityFlow (64)
influenceR (3)
InformationValue (1)
Informeasure (35)
infotheo (2)
ingredients (1)
ini (1)
InkblotAnalytics (20)
INLA (0)
inline (1)
inlinedocs (1)
InPAS (56)
INPower (53)
InraeThemes (1)
insight (7)
inSilicoDb (12)
inSilicoMerging (14)
INSPEcT (65)
installr (1)
INTACT (43)
InTAD (50)
intamap (1)
intansv (78)
interacCircos (57)
InteractionSet (1844)
InteractiveComplexHeatmap (368)
interactiveDisplay (99)
interactiveDisplayBase (10267)
interactomes (1)
InterCellar (74)
IntEREst (64)
intergraph (1)
InterMineR (61)
interp (12)
interpretR (0)
interval (1)
intervals (4)
IntOMICS (39)
IntramiRExploreR (46)
inum (3)
inveRsion (16)
invgamma (1)
IONiseR (67)
iontree (11)
iotools (1)
iPAC (126)
ipaddress (1)
iPath (41)
ipcwswitch (1)
ipdDb (101)
IPDfromKM (1)
ipmisc (0)
IPO (119)
IPPD (13)
ipred (44)
ips (1)
iptmnetr (1)
ipw (1)
iq (1)
irace (0)
IRanges (50187)
iranges (1)
iRanges (1)
IRdisplay (1)
IRISFGM (81)
IrisSpatialFeatures (3)
IRkernel (1)
irlba (15)
irr (1)
ISAnalytics (51)
iSEE (456)
iSEEde (35)
iSEEfier (2)
iSEEhex (140)
iSEEhub (102)
iSEEindex (32)
iSEEpathways (28)
iSEEu (107)
iSeq (50)
ISLET (44)
ISLR (1)
iSNetwork (2)
Iso (1)
isoband (46)
isobar (79)
IsoBayes (20)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (92)
IsoCorrectoRGUI (54)
IsoformSwitchAnalyzeR (254)
IsoGeneGUI (15)
ISoLDE (41)
isomiRs (123)
iSPlot (2)
isva (5)
ISwR (1)
ITALICS (57)
ITALICSData (1)
iterativeBMA (55)
iterativeBMAsurv (50)
iterativebmasurv (0)
iterators (6)
iterClust (48)
iteremoval (8)
itertools (1)
itsadug (1)
IVAS (76)
ivpack (0)
ivprobit (1)
ivreg (1)
ivygapSE (45)
IWTomics (49)

J

JADE (1)
jagsUI (1)
janeaustenr (3)
janitor (3)
JASPAR2016 (1)
JASPAR2018 (3)
JASPAR2020 (6)
JavaGD (1)
JBrowseR (1)
JBTools (0)
jcolors (1)
JGR (1)
jiebaR (0)
jiebaRD (0)
JM (1)
JMbayes (1)
jmosaics (7)
jnjtemplates (1)
joda (13)
joineRML (1)
jomo (1)
jose (1)
jpeg (11)
jqr (9)
jquerylib (2)
js (1)
jskm (1)
jsonify (1)
jsonlite (252)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (0)
JunctionSeq (12)

K

kableExtra (12)
kangar00 (1)
karyoploteR (884)
KaryoploteR (0)
karyoploter (1)
katdetectr (51)
katex (1)
KBoost (41)
KCsmart (61)
kebabs (141)
kedd (0)
KEGG.db (1)
KEGGgraph (5511)
kegggraph (0)
KEGGlincs (66)
keggorth (2)
keggorthology (139)
KEGGprofile (22)
KEGGREST (34964)
keggrest (1)
KEGGSOAP (5)
keggsvg (1)
Kendall (1)
keras (8)
KernelKnn (1)
kernlab (4)
KernSmooth (51)
keyring (6)
KFAS (1)
khroma (1)
kimod (6)
kinship2 (1)
KinSwingR (50)
kissDE (55)
kit (1)
kknn (1)
klaR (2)
km.ci (2)
kmed (1)
kmknn (0)
kml (1)
kml3d (1)
KMsurv (1)
knitr (251)
knitrdata (1)
knockoff (1)
KnowSeq (53)
knowYourCG (2)
KODAMA (0)
kohonen (2)
kpmt (0)
kriging (1)
ks (6)
kSamples (1)
ktplots (1)
kutils (1)
kyotil (1)

L

l2p (1)
labdsv (1)
labeling (130)
labelled (5)
LACE (106)
laeken (2)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
LambertW (2)
lamW (3)
landscapemetrics (1)
languageserver (1)
LaplacesDemon (1)
lapmix (48)
lars (1)
lasso2 (1)
lastdose (1)
latentnet (1)
later (194)
latex2exp (1)
lattice (148)
latticeExtra (10)
lava (39)
lavaan (42)
lavaSearch2 (1)
lazy (1)
lazyeval (21)
lbaQcCheck (1)
LBE (244)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
lcopula (1)
lda (0)
ldap (1)
ldblock (75)
LDheatmap (1)
LDlinkR (1)
LDplots (1)
LEA (515)
leafcutter (0)
leafem (1)
leaflegend (1)
leaflet (4)
leaflet.minicharts (1)
leaflet.providers (2)
leafpop (1)
leaps (1)
LearnBayes (1)
learnr (5)
LedPred (44)
lefser (578)
leiden (18)
leidenAlg (1)
leidenbase (10)
lemon (2)
lemur (41)
les (91)
levi (43)
lfa (281)
lfda (1)
lfe (1)
lgr (1)
lhs (10)
liana (0)
libcoin (3)
libgeos (1)
LiblineaR (10)
libr (1)
lifecycle (169)
lightgbm (1)
limma (31314)
limmaGUI (69)
limmia (1)
limpca (1)
limSolve (1)
LINC (7)
LineagePulse (44)
lineagespot (43)
LinkHD (48)
LinMod2 (1)
Linnorm (216)
linprog (1)
LinTInd (48)
lintr (38)
lionessR (49)
lipidr (186)
LiquidAssociation (79)
liquidSVM (0)
lisaClust (131)
listenv (34)
listviewer (1)
littler (1)
lixoftConnectors (0)
lixoftConnectors.1 (0)
lixoftConnectors.2 (0)
lle (0)
lm.beta (1)
lmdme (52)
lme4 (122)
lmerTest (1)
LMGene (14)
lmodel2 (1)
lmom (13)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (4)
LOBSTAHS (54)
lobstr (3)
locfdr (0)
locfit (54)
loci2path (45)
log4r (3)
logcondens (1)
logger (4)
logging (1)
logicFS (83)
LogicReg (1)
logistf (10)
logitnorm (1)
logitr (1)
logitT (37)
logitt (1)
Logolas (8)
logolas (0)
logr (1)
logrrr (1)
logspline (1)
lokern (1)
lol (10)
LOLA (289)
longitudinal (0)
longitudinalData (1)
longmemo (0)
loo (10)
LoomExperiment (581)
lotri (1)
loupeR (1)
LowMACA (18)
LowRankQP (1)
LPE (85)
LPEadj (47)
lpNet (61)
lpridge (1)
lpSolve (15)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1175)
lqa (0)
lqmm (1)
LRBaseDbi (110)
LRcell (51)
lsa (8)
LSAF (1)
lsei (1)
lsmeans (1)
lubridate (74)
lumi (1129)
Luminescence (1)
lute (5)
lvec (1)
LVSmiRNA (14)
lwgeom (2)
LymphoSeq (60)

M

m03modeldevelopment (1)
M3C (693)
M3D (8)
M3Drop (585)
m6Aboost (39)
maanova (21)
Maaslin2 (989)
maboost (1)
Macarron (50)
macat (58)
maCorrPlot (51)
MACPET (9)
macrophage (1)
MACSQuantifyR (41)
MACSr (106)
maDB (3)
made4 (235)
maditr (1)
madness (1)
MADSEQ (52)
maftools (2560)
MAGAR (153)
MAGeCKFlute (364)
magic (1)
magick (12)
magpie (44)
magrene (42)
magrittr (25)
MAI (51)
maic (1)
maicChecks (1)
maigesPack (45)
mailR (0)
MAIT (57)
makecdfenv (167)
makePlatformDesign (2)
maketools (1)
MALDIquant (3)
manipulate (1)
manipulateWidget (1)
MANOR (52)
manta (14)
MantelCorr (46)
mantelcorr (0)
maotai (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
MAPFX (1)
mAPKL (12)
mapplots (1)
mapproj (1)
maPredictDSC (57)
maps (9)
mapscape (48)
maptools (17)
maptree (1)
mapview (1)
marginaleffects (1)
margins (1)
mariner (57)
Markdown (0)
markdown (89)
markovchain (1)
marqLevAlg (1)
marr (42)
marray (1890)
martini (51)
maser (123)
maSigPro (253)
maskBAD (57)
MASS (222)
MassArray (50)
massdataset (1)
massiR (57)
MassSpecWavelet (1814)
masstools (1)
MAST (2028)
mastR (100)
matchBox (51)
Matching (1)
MatchIt (2)
matchprobes (2)
MatchThem (1)
mathjaxr (2)
matlib (1)
Matrix (301)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixEQTL (1)
MatrixExtra (1)
MatrixGenerics (39083)
MatrixModels (97)
MatrixQCvis (118)
MatrixRider (59)
matrixStats (135)
matrixTests (1)
matter (203)
MaxContrastProjection (8)
maxLik (1)
maxstat (1)
MBA (6)
MBAmethyl (39)
MBASED (57)
MBCB (51)
MBECS (59)
mbend (1)
MBESS (1)
mbkmeans (448)
mbOmic (18)
mboost (2)
mBPCR (57)
MBQN (50)
mbQTL (44)
MBttest (48)
mc2d (1)
mcaGUI (14)
MCbiclust (50)
mclogit (1)
mclust (11)
mclustcomp (1)
mcmc (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (2)
MCMCprecision (1)
MCPcounter (0)
mcr (8)
MCRestimate (13)
mCSEA (106)
mctq (1)
mda (1)
mdgsa (9)
mdp (52)
mdqc (98)
MDTS (50)
MEAL (77)
MeasurementError.cor (46)
measurements (1)
measures (1)
MEAT (42)
MEB (44)
medflex (0)
mediation (1)
MEDIPS (106)
MEDME (52)
megadepth (120)
MEIGOR (53)
Melissa (47)
memes (183)
memisc (1)
memoise (16)
MEMSS (1)
memuse (1)
MendelianRandomization (1)
merDeriv (1)
MergeMaid (16)
Mergeomics (59)
merTools (1)
MeSHDbi (250)
meshes (146)
meshr (137)
MeSHSim (3)
MesKit (67)
MESS (1)
messina (53)
meta (1)
metaArray (14)
Metab (31)
metabaser (1)
metabCombiner (47)
metabinR (39)
metaBLUE (1)
metaBMA (1)
MetaboAnalystR (1)
MetaboAnnotation (307)
MetaboCoreUtils (1150)
metabolomics (1)
metabolomicsWorkbenchR (74)
metabomxtr (51)
MetaboReport (1)
MetaboSignal (115)
metaCCA (192)
metacore (1)
MetaCyto (71)
metadat (1)
metafor (3)
metagene (37)
metagene2 (65)
metagenomeFeatures (8)
metagenomeSeq (1642)
MetaGxOvarian (2)
metahdep (56)
metaMA (7)
metaMS (101)
MetaNeighbor (89)
metap (9)
MetaPhOR (51)
metaplot (1)
metaplus (1)
metapod (4609)
metapone (61)
metaSeq (64)
metaseqR (19)
metaseqR2 (47)
MetaSKAT (0)
metatools (1)
MetaUtility (1)
metavizr (13)
MetaVolcanoR (61)
metaX (3)
MetCirc (67)
MethCP (9)
methimpute (55)
methInheritSim (60)
methodical (3)
methods (1)
MethPed (50)
MethReg (69)
methrix (77)
MethTargetedNGS (47)
methVisual (13)
methyAnalysis (19)
MethylAid (87)
methylCC (70)
methylclock (146)
methylclockData (1)
methylGSA (104)
methyLImp2 (2)
methylInheritance (62)
methylKit (629)
MethylMix (95)
methylMnM (72)
methylPipe (120)
methylscaper (46)
MethylSeekR (137)
methylSig (69)
methylumi (1440)
methyvim (8)
MetID (50)
metid (1)
MetNet (49)
metpath (1)
metR (1)
metrumrg (1)
mets (1)
mev (1)
mfa (79)
mFilter (1)
Mfuzz (1138)
mfuzz (0)
mfx (1)
mg14 (0)
mgcv (224)
MGFM (58)
MGFR (61)
mgm (1)
MGnifyR (2)
mgsa (106)
mhsmm (1)
mhurdle (1)
mi (0)
mia (1433)
miaSim (95)
miaViz (230)
mice (12)
miceadds (1)
MiChip (50)
microbenchmark (1)
microbiome (1618)
microbiomeDASim (54)
microbiomeExplorer (75)
microbiomeMarker (365)
MicrobiomeProfiler (100)
MicrobiotaProcess (490)
micromap (1)
microRNA (156)
microseq (1)
Microsoft365R (1)
microSTASIS (43)
MICSQTL (27)
midasHLA (56)
MIGSA (14)
MIIVsem (0)
miloR (256)
mimager (60)
mime (33)
MIMOSA (34)
mimosa (1)
mina (43)
MineICA (70)
minerva (0)
minet (760)
minfi (2315)
minfiData (1)
MinimumDistance (64)
miniUI (1)
minpack.lm (3)
minqa (75)
MiPP (52)
miQC (104)
MIRA (120)
MiRaGE (57)
mirai (2)
miRBaseConverter (125)
miRcomp (49)
mirIntegrator (62)
MIRit (3)
miRLAB (60)
miRmine (34)
miRNAmeConverter (54)
miRNApath (62)
miRNAtap (143)
miRSM (35)
miRsponge (5)
miRspongeR (47)
Mirsynergy (11)
mirt (18)
mirTarRnaSeq (59)
misc3d (1)
miscTools (1)
missForest (1)
missMDA (1)
missMethyl (972)
missRanger (1)
missRows (49)
misty (1)
mistyR (87)
mitch (62)
mitml (1)
mitoClone2 (53)
mitoODE (12)
mitools (1)
mixOmics (2902)
mixsqp (18)
mixtools (1)
mixture (1)
MKmisc (1)
mlbench (10)
MLEcens (1)
mlegp (1)
mlfa (1)
mlflow (1)
MLInterfaces (379)
mlm4omics (3)
MLmetrics (1)
mlmm.gwas (1)
mlmRev (1)
mlogit (1)
MLP (121)
mlpack (1)
mlr (1)
mlr3 (2)
mlr3cluster (1)
mlr3data (1)
mlr3filters (1)
mlr3fselect (1)
mlr3hyperband (1)
mlr3learners (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
mlr3pipelines (1)
mlr3proba (1)
mlr3spatiotempcv (1)
mlr3tuning (1)
mlr3tuningspaces (1)
mlr3verse (1)
mlr3viz (1)
MLSeq (155)
mlt (1)
mltools (0)
mma (1)
MMAPPR2 (22)
MMDiff (8)
MMDiff2 (48)
mmgmos (1)
mmnet (9)
MmPalateMiRNA (14)
mmrm (38)
MMUPHin (103)
mnem (146)
mnormt (13)
MNP (1)
moanin (121)
mobileRNA (4)
MobilityTransformR (38)
mobster (0)
mockery (3)
mockr (1)
MODA (51)
ModCon (39)
modelbased (1)
modeldata (12)
modelenv (1)
ModelMetrics (1)
modelr (47)
modelsummary (1)
modeltests (1)
modeltime.ensemble (1)
modeltools (1)
modetest (1)
MODIStsp (2)
Modstrings (208)
modules (5)
MOFA (7)
MOFA2 (432)
MOGAMUN (48)
mogsa (160)
moleculaR (1)
MoleculeExperiment (57)
MOMA (57)
moments (2)
Momocs (1)
monaLisa (119)
mondate (1)
monkey (1)
monocle (3010)
monocle3 (1)
MonoPhy (1)
Moonlight2R (34)
MoonlightR (67)
MoPS (7)
morpheus (1)
Morpho (1)
mosaic (1)
mosaicCore (30)
mosaicData (1)
mosaics (134)
mosbi (46)
MOSim (46)
Motif2Site (42)
motifbreakR (203)
motifcounter (56)
MotifDb (645)
motifmatchr (1306)
motifRG (15)
motifStack (718)
motifTestR (2)
MotIV (30)
mouse4302.db (0)
MouseFM (97)
MouseGastrulationData (1)
MPA (1)
mpath (0)
MPFE (42)
MplusAutomation (1)
mpm (1)
mpn.scorecard (1)
mppR (1)
mpra (54)
MPRAnalyze (63)
MPV (1)
MQmetrics (44)
mQTL.NMR (5)
mratios (1)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1513)
MSA2dist (124)
msatR (1)
MsBackendMassbank (72)
MsBackendMgf (464)
MsBackendMsp (206)
MsBackendRawFileReader (58)
MsBackendSql (59)
MsCoreUtils (3482)
msdata (1)
MsDataHub (58)
MSEADbi (4)
MsExperiment (803)
MsFeatures (1602)
msgbsR (69)
MSGFgui (10)
MSGFplus (13)
msigdb (1)
msigdbr (3)
msImpute (84)
mslp (37)
msm (6)
msmsEDA (276)
msmsTests (259)
MSnbase (3171)
msnbase (0)
MSnID (238)
MSPrep (103)
msPurity (77)
msQC (0)
msqrob2 (111)
MsQuality (61)
MSstats (502)
MSstatsBig (24)
MSstatsConvert (477)
MSstatsLiP (69)
MSstatsLOBD (43)
MSstatsPTM (189)
MSstatsQC (70)
MSstatsQCgui (41)
MSstatsSampleSize (24)
MSstatsShiny (95)
MSstatsTMT (271)
MSstatsTMTPTM (4)
MSstatsTMTs (1)
mstate (1)
MSwM (1)
mtbls2 (0)
MTseeker (3)
MuData (54)
muhaz (1)
Mulcom (73)
mulcom (0)
multcomp (40)
multcompView (37)
multgee (1)
MultiAssayExperiment (4900)
MultiBaC (64)
multiClust (81)
multicool (4)
multicrispr (58)
multicross (1)
MultiDataSet (1192)
multidplyr (0)
multiGSEA (108)
multiHiCcompare (177)
MultiMed (50)
multiMiR (222)
MultimodalExperiment (39)
multimode (1)
multinichenetr (0)
multinma (1)
multiOmicsViz (43)
multipanelfigure (1)
MultiRNAflow (25)
multiscan (51)
multiSight (77)
multistateQTL (2)
multiwayvcov (1)
multiWGCNA (40)
multtest (12172)
MuMIn (1)
mumosa (65)
MungeSumstats (965)
munsell (17)
muscat (399)
muscData (1)
muscle (309)
musicatk (77)
MutationalPatterns (331)
mutationalpatterns (1)
MutationTimeR (0)
mutoss (8)
mutSigExtractor (0)
mvabund (1)
MVCClass (88)
mvGST (4)
mvna (1)
mvnfast (0)
mvnormtest (1)
mvpart (1)
mvtnorm (110)
MWASTools (147)
mycor (1)
mygene (344)
myphd (1)
myvariant (80)
mzID (3022)
mzR (3319)

N

n1qn1 (1)
N2R (0)
nabor (1)
NACHO (1)
NADA (5)
NADfinder (54)
name (1)
naniar (1)
nanoarrow (1)
NanoMethViz (77)
nanonext (2)
NanoPyx (1)
NanoStringDiff (91)
NanoStringNCTools (385)
NanoStringQCPro (49)
nanostringr (1)
nanotatoR (103)
nanotime (1)
NanoTube (80)
narray (1)
NarrowPeaks (14)
nasapower (1)
nat.util (1)
nat.utils (1)
natserv (1)
naturalsort (1)
NBAMSeq (82)
NbClust (1)
nbpMatching (1)
NBSplice (11)
ncappc (1)
ncar (1)
ncbit (0)
ncdf4 (8)
ncdf4.1 (0)
ncdfFlow (1143)
ncGTW (41)
NCIgraph (114)
NCmisc (1)
ncRNAtools (44)
ncvreg (1)
ndexr (67)
ndjson (0)
neaGUI (7)
nearBynding (46)
Nebulosa (964)
NeighborNet (26)
nem (18)
NEMO (0)
nempi (54)
neo2R (1)
NEONiso (1)
neonUtilities (1)
nephro (1)
nestcolor (1)
nestedcv (1)
nestedLogit (1)
nestedmodels (1)
NetActivity (45)
netbenchmark (8)
NetBID2 (0)
netbiov (31)
netboost (39)
netboxr (10)
NetCRG (0)
netDx (49)
nethet (49)
netmeta (1)
netOmics (43)
NetPathMiner (60)
netprioR (45)
netrankr (1)
netReg (8)
netresponse (65)
NetSAM (59)
netSmooth (64)
NetSwan (1)
network (2)
networkBMA (15)
networkD3 (1)
networkDynamic (1)
netZooR (57)
NeuCA (33)
neuralnet (1)
NeuralNetTools (1)
neuRosim (0)
NewWave (110)
nFactors (1)
NGScopy (6)
ngsReports (71)
NHANES (1)
nhanesA (1)
nimble (1)
nipals (1)
nipalsMCIA (25)
NISTunits (1)
NlcOptim (1)
nleqslv (1)
nlme (192)
nlmeODE (1)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nlmixr2rpt (1)
nloptr (42)
NLP (0)
nls2 (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (11)
NMproject (1)
nmrec (1)
NMsim (1)
nnet (76)
NNLM (1)
nnls (3)
nnNorm (55)
nnSVG (86)
noctua (1)
NoiseFiltersR (0)
NOISeq (569)
NonCompart (1)
nondetects (69)
nonmem2R (1)
nonmem2rx (1)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
nor1mix (2)
NoRCE (49)
norm (1)
normalize450K (46)
NormalizerDE (1)
NormalyzerDE (145)
NormqPCR (175)
normr (133)
NORMT3 (1)
nortest (1)
Nozzle.R1 (1)
np (0)
NPARC (51)
npde (1)
npGSEA (61)
nphRCT (1)
npsurv (1)
NTW (49)
nucleoSim (54)
nucleR (77)
nuCpos (47)
nudge (10)
nullranges (155)
numbat (7)
numbers (1)
numDeriv (2)
NuPoP (68)
NxtIRFcore (21)
nycflights13 (1)

O

oaqc (1)
occugene (46)
OceanView (0)
OCplus (80)
octad (51)
od (1)
odbc (21)
oddsratio (0)
ODER (20)
odseq (67)
odyproteomicsValidator (1)
officedown (1)
officer (18)
OGRE (56)
OGSA (7)
OHCA (0)
oligo (1614)
oligoClasses (1691)
OLIN (89)
OLINgui (53)
OlinkAnalyze (1)
olsrr (1)
omada (36)
OmaDB (194)
omicade4 (136)
OmicCircos (185)
omicplotR (61)
omicRexposome (54)
omicsbase (0)
OmicsLonDA (25)
OmicsMarkeR (8)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (61)
omicsPrint (52)
omicsViewer (50)
Omixer (49)
omnibus (1)
OmnipathR (511)
ompBAM (99)
ompr (1)
ompr.roi (1)
Onassis (9)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oncomarkerbase (1)
oncomix (46)
oncoscanR (41)
OncoScore (53)
OncoSimulR (60)
oneChannelGUI (13)
onechannelgui (0)
oneSENSE (19)
onlineFDR (44)
ontoCAT (11)
ontologyIndex (18)
ontologyPlot (1)
ontoProc (219)
ontoTools (2)
oompaBase (3)
oompaData (3)
opdisDownsampling (1)
openCyto (674)
openeo (1)
OpenMx (1)
openPrimeR (125)
openPrimeRui (61)
openssl (287)
OpenStats (44)
openxlsx (23)
openxlsx2 (1)
OperaMate (4)
operator.tools (1)
oposSOM (72)
oppar (59)
oppti (42)
optextras (1)
OptiLCMS (1)
optimalFlow (55)
optimParallel (1)
optimr (1)
optimx (14)
optmatch (1)
optparse (42)
optpart (1)
optweight (1)
OPWeight (48)
orca (1)
OrderedList (79)
ordinal (2)
ore (1)
ORFhunteR (48)
ORFik (201)
org.Ag.eg.db (1)
org.At.tair.db (1)
org.Bt.eg.db (1)
org.Ce.eg.db (1)
org.Cf.eg.db (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Gg.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (14)
org.Hs.eg.db.html (0)
org.Mm.eg.db (12)
org.Mmu.eg.db (1)
org.Pt.eg.db (1)
org.Rn.eg.db (9)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
org.Xl.eg.db (1)
Organism.dplyr (420)
OrganismDbi (3246)
oricvis (1)
orientlib (1)
origami (1)
orthogene (318)
Orthology.eg.db (1)
orthopolynom (1)
orthos (24)
OSAT (61)
OSCA (5)
OSCA.advanced (19)
OSCA.basic (20)
OSCA.intro (70)
OSCA.multisample (20)
OSCA.workflows (36)
Oscope (85)
oskeyring (1)
osmdata (31)
osprey (1)
osqp (2)
OTUbase (59)
OutlierD (14)
outliers (1)
OUTRIDER (201)
OutSplice (44)
overlapping (1)
OVESEG (45)

P

PAA (65)
PACKAGE (1)
packer (1)
packFinder (48)
packrat (37)
pacman (1)
padma (47)
PADOG (238)
padr (1)
pagedown (1)
pageRank (55)
pagoda2 (1)
PAIRADISE (82)
paircompviz (57)
PairedData (1)
pairedGSEA (38)
pairkat (38)
pairseqsim (2)
pairwiseComparisons (0)
pak (2)
paletteer (5)
Palimpsest (0)
palmerpenguins (1)
palr (1)
pals (2)
pammtools (1)
pamr (5)
pan (1)
pandaR (125)
pander (2)
pandoc (1)
panelcn.mops (82)
panelr (1)
PAnnBuilder (13)
PanomiR (60)
panp (53)
PANR (54)
PanViz (35)
PanVizGenerator (10)
PAPi (17)
paquet (1)
paradox (1)
parallel (1)
parallelly (115)
parallelMap (1)
param6 (1)
parameters (4)
ParamHelpers (0)
parathyroidSE (1)
parcats (1)
pareg (43)
parglms (47)
parody (95)
parquetize (1)
parsedate (3)
parsnip (12)
partCNV (24)
partitions (1)
party (2)
partykit (3)
pasilla (1)
PAST (45)
pastecs (0)
PASWR (1)
patch (1)
patchwork (50)
Path2PPI (56)
pathfindR.data (1)
pathifier (123)
PathInterpolatR (1)
pathlinkR (5)
PathNet (63)
PathoStat (67)
pathprint (7)
pathRender (57)
pathVar (26)
pathview (4332)
pathwayPCA (72)
PathwaySplice (6)
PatientGeneSets (2)
patientProfilesVis (1)
patrick (1)
paws (12)
paws.analytics (11)
paws.application.integration (11)
paws.common (48)
paws.compute (11)
paws.cost.management (11)
paws.customer.engagement (11)
paws.database (11)
paws.developer.tools (11)
paws.end.user.computing (11)
paws.machine.learning (11)
paws.management (11)
paws.networking (11)
paws.security.identity (11)
paws.storage (46)
paxtoolsr (84)
pbapply (38)
Pbase (10)
pbcmc (5)
pbdZMQ (2)
PBIR (0)
pbivnorm (1)
pbkrest (0)
pbkrtest (60)
pbmcapply (1)
pbmcref.SeuratData (1)
PBSddesolve (1)
PBSmapping (1)
pbv (1)
pcaExplorer (474)
pcaGoPromoter (14)
pcalg (1)
pcaMethods (5077)
PCAN (55)
pcaPP (15)
PCAtools (1157)
PCDimension (1)
pch (1)
PCICt (1)
pcot2 (14)
PCpheno (14)
pcse (1)
pctGCdata (0)
pcxn (47)
pd.atdschip.tiling (0)
pd.clariom.s.human (1)
pd.hg.u133.plus.2 (0)
pd.hta.2.0 (1)
pd.mouse430.2 (0)
PDATK (81)
pdfCluster (1)
pdftools (8)
pdInfoBuilder (110)
pdist (1)
pdmclass (11)
pdp (1)
PeacoQC (208)
peakPantheR (56)
peakPick (0)
pec (1)
PECA (60)
peco (45)
pedigree (1)
pedigreemm (1)
Pedixplorer (3)
pegas (1)
pegboard (1)
PEIP (1)
penalized (1)
pengls (39)
peperr (0)
PepsNMR (114)
pepStat (49)
Peptides (1)
pepXMLTab (57)
PERFect (41)
performance (5)
PerformanceAnalytics (1)
periodicDNA (45)
perm (7)
permimp (1)
permute (3)
perturbatr (7)
PFAM.db (10)
pfamAnalyzeR (224)
PFIM (1)
PFP (20)
PGA (10)
pga (0)
pgca (45)
pgirmess (1)
PGSEA (49)
pgUtils (3)
pgxRpi (5)
phangorn (3)
phantasus (146)
phantasusLite (26)
PharmacoGx (272)
pharmaRTF (1)
pharmaversesdtm (1)
pheatmap (1)
phemd (40)
phenoDist (11)
PhenoGeneRanker (38)
phenomis (53)
phenopath (86)
phenoTest (133)
PhenStat (58)
PheWAS (0)
philentropy (2)
philr (182)
PhIPData (95)
phonTools (1)
phosphonormalizer (47)
phosphoricons (5)
PhosR (103)
phyclust (1)
phylobase (1)
phylocanvas (1)
phylogram (1)
phylolm (1)
PhyloProfile (72)
phyloseq (5343)
phylosignal (1)
phylotools (1)
phyr (1)
phytools (4)
Pi (75)
piano (471)
pickgene (49)
PICS (115)
Pigengene (118)
pillar (122)
pim (0)
pimeta (1)
pinfsc50 (1)
PING (69)
pingr (8)
pins (39)
pint (11)
pio (0)
pipeComp (49)
pipeFrame (167)
pipeR (1)
PIPETS (3)
PIUMA (2)
pixmap (2)
PK (1)
pkgbuild (108)
pkgcache (9)
pkgconfig (2)
pkgdepends (10)
pkgDepTools (23)
pkgdeptools (0)
pkgdown (20)
pkgKitten (1)
pkglite (1)
pkgload (218)
pkgmaker (2)
pkgpub (1)
pkgsearch (1)
PKI (1)
PKNCA (1)
PKPDdatasets (1)
PKPDmodels (1)
PKreport (1)
planet (176)
planttfhunter (38)
plasmut (19)
plateCore (14)
plethy (23)
plgem (109)
plier (112)
plm (1)
PloGO2 (70)
plogr (1)
plot3D (2)
plot3Drgl (0)
plotfunctions (1)
plotgardener (337)
plotGrouper (46)
plotly (127)
plotlyGeoAssets (1)
plotmm (1)
plotmo (1)
plotrix (10)
plotROC (1)
PLPE (53)
plpe (0)
plrs (13)
pls (2)
PLSDAbatch (5)
plumber (6)
plw (14)
plyinteractions (30)
plyr (124)
plyranges (1231)
PMA (1)
pmartR (1)
PMCMRplus (1)
pmforest (1)
pmm (43)
pmml (1)
pmp (114)
pmparams (1)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (35)
PoDCall (44)
podkat (51)
pogos (62)
pointblank (1)
PoissonSeq (0)
poLCA (1)
polspline (3)
Polychrome (1)
polyclip (67)
polycor (1)
polyester (120)
Polyfit (8)
polynom (3)
PolynomF (1)
polysat (0)
POMA (76)
pool (4)
poolfstat (1)
poorman (1)
PopED (1)
poppr (1)
PossibilityCurves (2)
POST (7)
posterior (10)
PoTRA (7)
PowerExplorer (6)
poweRlaw (7)
powerTCR (383)
PowerTOST (1)
POWSC (56)
powsimR (1)
ppcor (1)
ppcseq (46)
PPInfer (120)
ppiStats (16)
pqsfinder (74)
prabclus (2)
pracma (23)
prada (20)
praise (1)
pram (43)
preAnomalyDetectionCredLife (1)
prebs (71)
PreciseSums (1)
preciseTAD (54)
PrecisionTrialDrawer (7)
precommit (1)
PREDA (83)
prediction (1)
predictionet (13)
predint (1)
PReMiuM (1)
preproc.iquizoo (1)
preprocessCore (14040)
preprocesscore (0)
PreprocessCore (0)
preprocessorCore (1)
PresenceAbsence (0)
preseqR (0)
presser (1)
presto (1)
prestor (1)
prettycode (1)
prettydoc (1)
prettymapr (1)
prettyunits (150)
primirTSS (60)
PrInCE (54)
princurve (1)
printr (1)
prioritylasso (1)
prismatic (1)
PRISMselector (1)
Prize (7)
proActiv (60)
proBAMr (51)
proBatch (35)
pROC (57)
PROcess (90)
processCore (0)
processx (231)
procoil (57)
ProCoNA (12)
proDA (217)
prodlim (55)
productplots (1)
proffer (1)
proFIA (14)
profile (0)
profileModel (1)
profileplyr (223)
profileScoreDist (45)
profmem (1)
profvis (36)
progeny (400)
ProgMan (1)
progress (67)
progressr (41)
proj (0)
PROJ (5)
proj4 (17)
ProjecTILs (1)
projectR (103)
projpred (1)
pRoloc (258)
pRolocdata (10)
pRolocGUI (84)
PROMISE (103)
promise (1)
promises (130)
prompt (1)
prompter (1)
PROPER (82)
propr (1)
PROPS (50)
PROreg (1)
Prostar (72)
prostar (0)
prot2D (12)
proteasy (30)
proteinProfiles (48)
ProteoDisco (48)
ProteomicsAnnotationHubData (10)
proteomixr (1)
ProteoMM (74)
proteoQC (9)
protGear (50)
ProtGenerics (11512)
proto (1)
protolite (1)
protr (9)
protti (1)
protViz (1)
proxy (2)
proxyC (1)
PRROC (5)
pryr (10)
ps (222)
PSCBS (7)
pscl (1)
PSEA (47)
psichomics (73)
PSICQUIC (22)
PSMatch (206)
PsNR (1)
pspearman (1)
pspline (1)
psych (74)
psychometric (6)
psychotools (1)
psychotree (1)
psychTools (1)
psygenet2r (67)
ptairMS (46)
ptw (1)
Publish (1)
PubScore (5)
PullReadAnalysisData (1)
pulsar (1)
pulsedSilac (6)
puma (99)
PupillometryR (1)
PureCN (158)
purr (0)
purrr (141)
purrrlyr (1)
pvac (50)
pvca (244)
pvclust (1)
Pviz (78)
pwalign (78)
PWMEnrich (157)
pwOmics (103)
pwr (1)
pwrEWAS (34)
pxr (0)
pyinit (1)
pzfx (1)

Q

qap (11)
qbaDatabase (1)
qcc (1)
qckitfastq (55)
qcmetrics (89)
qcNvs (0)
QCvis (1)
qdapRegex (1)
qdapTools (1)
QDNAseq (388)
QDNAseq.hg19 (1)
QDNAseq.mm10 (1)
QFeatures (1285)
qgam (1)
qgraph (2)
qicharts (1)
qlcMatrix (11)
qmtools (47)
qpcR (1)
qpcrNorm (59)
qpdf (2)
qpgraph (175)
qPLEXanalyzer (67)
qqconf (8)
qqman (2)
qqplotr (1)
qrcode (1)
qreport (1)
qrng (1)
qrnn (1)
qrqc (26)
qs (6)
QSARdata (1)
qsea (62)
qsmooth (126)
QSutils (55)
qsvaR (109)
qtl (1)
qtl2 (1)
QTLExperiment (21)
Qtlizer (47)
quadprog (2)
QUALIFIER (15)
qualifier (0)
qualpalr (1)
quantable (1)
quantiseqr (445)
quantmod (10)
quantreg (70)
quantro (343)
quantsmooth (629)
quarto (5)
QuartPAC (59)
QuasR (358)
QuaternaryProd (71)
QUBIC (134)
questionr (2)
QuickJSR (1)
qusage (389)
qvalue (16667)
qvcalc (1)
qwraps2 (1)

R

r (1)
r-limma (1)
R.cache (2)
R.devices (8)
R.filesets (8)
R.huge (5)
R.matlab (0)
R.methodsS3 (5)
R.oo (36)
R.rsp (1)
R.utils (95)
R2admb (1)
r2d2 (1)
r2d3 (1)
R2GUESS (1)
R2HTML (1)
R2jags (1)
R2OpenBUGS (1)
r2rtf (1)
R2wd (1)
R2WinBUGS (1)
R3CPET (58)
r3Cseq (87)
R453Plus1Toolbox (63)
R4RNA (611)
R6 (46)
rAccess (1)
radarchart (1)
radiant (1)
radiant.data (1)
radiant.model (1)
radiator (1)
RadioGx (61)
raer (23)
ragg (105)
RaggedExperiment (933)
RAIDS (25)
rain (88)
rainbow (8)
rama (18)
rAmCharts (1)
RamiGO (11)
ramr (42)
ramwas (127)
randomcoloR (5)
randomcolor (1)
RandomFields (0)
RandomFieldsUtils (0)
randomForest (3)
randomForestSRC (1)
randomizr (1)
randomNames (1)
RandomWalkRestartMH (114)
randPack (54)
randRotation (40)
randtoolbox (1)
ranger (11)
RankAggreg (1)
RankProd (289)
RANN (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
rapidoc (1)
RApiSerialize (5)
rappdirs (4)
rapportools (1)
RAREsim (39)
RareVariantVis (59)
Rariant (14)
rARPACK (5)
Rarr (105)
raster (43)
rasterVis (1)
ratelimitr (1)
RAthena (10)
rattle (1)
rawDiag (2)
rawrr (203)
rayimage (1)
rayrender (1)
rayvertex (1)
RbcBook1 (75)
Rbec (52)
rbenchmark (1)
RBesT (1)
RBGL (9455)
rbgl (0)
rbibutils (43)
rbioapi (3)
RBioFormats (103)
RBioinf (62)
rbioinfcookbook (1)
rBiopaxParser (168)
rbiopaxparser (1)
rBLAST (2)
RBM (55)
rbmi (1)
rbokeh (1)
Rbowtie (509)
Rbowtie2 (315)
rbsurv (60)
Rbwa (99)
Rcade (20)
rcartocolor (1)
RCAS (122)
RCASPAR (47)
rcdk (10)
RCdk (0)
rcdklibs (10)
rcellminer (62)
rCGH (106)
Rcgmin (1)
Rchemcpp (14)
Rchoice (1)
RchyOptimyx (14)
RCircos (0)
RcisTarget (840)
RClickhouse (1)
rclipboard (5)
RCM (56)
rcmdcheck (29)
Rcmdr (1)
RcmdrMisc (1)
Rcollectl (29)
RColorBrewer (14)
rcompanion (1)
rcorpora (1)
Rcpi (118)
Rcpp (258)
rcpp (1)
RcppAlgos (1)
RcppAnnoy (36)
RcppArmadillo (184)
RcppCCTZ (1)
RcppClassic (1)
RcppDate (1)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (112)
RcppGSL (3)
RcppHNSW (19)
RcppML (6)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (15)
RcppProgress (1)
RcppRoll (1)
RcppSimdJson (1)
RcppSpdlog (1)
RcppThread (3)
RcppTOML (15)
RcppZiggurat (6)
Rcsdp (1)
RCSL (31)
RCurl (112)
RCurl.back (0)
Rcwl (102)
RcwlPipelines (92)
RCX (92)
RCy3 (937)
RCyjs (70)
RCytoscape (12)
Rd2roxygen (0)
rda (0)
RDAVIDWebService (34)
Rdbi (3)
RdbiPgSQL (2)
RDCOMClient (1)
rdd (1)
rdflib (1)
rDGIdb (79)
Rdimtools (1)
Rdisop (459)
rdocx (1)
Rdpack (44)
RDRToolbox (120)
Rdsdp (1)
reactable (2)
reactlog (1)
reactome.db (9)
ReactomeContentService4R (97)
ReactomeGraph4R (40)
ReactomeGSA (223)
ReactomePA (2327)
reactR (11)
readat (8)
readbitmap (1)
reader (1)
readJDX (1)
readODS (1)
ReadqPCR (203)
readr (96)
readstata13 (1)
readxl (81)
rearrr (1)
reb (12)
REBayes (1)
REBET (42)
rebook (180)
receptLoss (39)
recipes (67)
reclin (1)
recommenderlab (7)
reconsi (48)
recosystem (12)
recount (426)
recount3 (309)
recountmethylation (58)
recoup (52)
reda (1)
REddyProc (1)
RedeR (326)
RedisParam (40)
redland (1)
redoc (1)
REDseq (83)
redux (1)
refinr (1)
RefManageR (1)
RefNet (13)
RefPlus (42)
refund (1)
RegEnrich (102)
reghelper (1)
regionalpcs (27)
RegionalST (33)
regioneR (2055)
regioneReloaded (45)
regionReport (118)
registry (1)
RegParallel (1)
regress (1)
regsplice (45)
regutools (61)
relaimpo (1)
relations (1)
reldist (8)
relimp (1)
relsurv (1)
remaCor (5)
rematch (71)
rematch2 (1)
remotes (86)
REMP (66)
renderthis (1)
rentrez (1)
renv (159)
Repitools (328)
report (1)
reporter (1)
reporting (1)
ReportingTools (719)
reposTools (1)
repr (2)
reprex (36)
repurrrsive (1)
RepViz (104)
ReQON (49)
reReg (1)
resample (0)
reshape (2)
reshape2 (8)
ResidualMatrix (3381)
RESOLVE (53)
Resourcerer (5)
ResourceSelection (1)
restfulr (8)
restfulSE (119)
reticulate (53)
retrofit (39)
ReUseData (39)
revealgenomics (1)
RevGadgets (1)
review (1)
rex (29)
rexposome (100)
rfaRm (40)
Rfast (15)
Rfast2 (1)
Rfastp (134)
rfcdmin (1)
Rfit (1)
rflowcyt (3)
RFOC (6)
rfPred (59)
rGADEM (276)
RGalaxy (16)
rgbif (1)
RGCCA (0)
rgdal (16)
rGenomeTracks (44)
rgenoud (1)
rgeos (14)
rgexf (1)
Rgin (7)
rgl (3)
Rglpk (2)
RGMQL (49)
RgnTX (42)
RgoogleMaps (6)
rgoslin (60)
RGraph2js (50)
Rgraphviz (9857)
rgraphviz (1)
rGREAT (664)
RGSEA (64)
rgsepd (53)
rhandsontable (2)
rhdf5 (19466)
Rhdf5 (1)
rhdf5client (143)
rhdf5filters (18740)
Rhdf5lib (22897)
rhino (6)
Rhisat2 (219)
RhpcBLASctl (2)
Rhtslib (23826)
rhub (3)
rHVDM (12)
rhvdm (0)
RiboCrypt (47)
RiboDiPA (48)
RiboProfiling (81)
ribor (45)
riboSeq (0)
riboSeqR (40)
ribosomeProfilingQC (76)
rice (1)
RIdeogram (1)
ridigbio (1)
rifi (37)
rifiComparative (34)
RImmPort (45)
Ringo (374)
RInside (0)
Rintact (2)
rintrojs (3)
rio (7)
RIPAT (31)
RIPSeeker (24)
Risa (62)
RISCA (1)
riskmetric (1)
riskRegression (1)
RITAN (60)
ritis (1)
RItools (1)
RIVER (47)
riverplot (1)
rj (0)
rj.gd (0)
rjags (2)
rJava (39)
RJDBC (1)
RJMCMCNucleosomes (51)
rjson (15)
rjsoncons (1)
RJSONIO (13)
Rlab (1)
Rlabkey (1)
rlang (335)
rlaR (1)
RLassoCox (48)
rle (0)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
rlist (1)
rlistings (1)
RLMM (51)
RLRsim (1)
RLSeq (39)
rly (0)
RMAGEML (3)
Rmagic (1)
Rmagpie (51)
RMAPPER (4)
rmapshaper (1)
RMariaDB (6)
rmarkdown (251)
RMassBank (98)
rMAT (11)
rmatio (1)
rmcorr (1)
rmdformats (1)
rmelting (64)
rmeta (1)
rminer (1)
rmio (1)
RmiR (14)
rMisbeta (1)
Rmisc (1)
Rmmquant (45)
Rmpfr (12)
Rmpi (1)
rms (3)
rmsb (1)
rmspc (52)
RMTstat (1)
rmutil (0)
rMVP (1)
RMySQL (3)
RNAAgeCalc (71)
RNAdecay (33)
rnaEditr (46)
RNAi (1)
RNAinteract (80)
RNAither (16)
RNAmodR (115)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (56)
RNAmodR.Data (1)
RNAmodR.ML (49)
RNAmodR.RiboMethSeq (52)
RNAprobR (7)
RNAsense (41)
rnaseqcomp (58)
RNAseqCovarImpute (20)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (16)
RNASeqPower (141)
RNASeqR (8)
RnaSeqSampleSize (94)
rnaturalearth (2)
rnaturalearthdata (1)
RnBeads (283)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.hg38 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (3)
RnBeads.rn5 (3)
rncl (1)
RNeXML (1)
rngtools (2)
rngWELL (1)
Rnits (48)
RNOmni (1)
roar (56)
roastgsa (20)
robfilter (2)
RobinCar (1)
RobStatTM (1)
robumeta (1)
robust (12)
robustbase (24)
robustlmm (1)
ROC (1028)
ROCpAI (41)
ROCR (2)
RODBC (3)
ROI (1)
ROI.plugin.glpk (1)
ROI.plugin.lpsolve (1)
RolDE (46)
Roleswitch (13)
roleswitch (1)
Rolexa (8)
roll (1)
rols (418)
roma (1)
ROntoTools (212)
Rook (1)
rootSolve (14)
ropls (1184)
roptim (0)
ROracle (1)
ROSE (1)
ROSeq (42)
rosettR (1)
rotl (1)
ROTS (202)
round (1)
roxygen (1)
roxygen2 (96)
RPA (99)
rpact (1)
rpart (72)
rpart.plot (1)
RPEGLMEN (1)
RPEIF (1)
RPESE (1)
rpf (1)
RPMG (7)
RPostgres (20)
RPostgreSQL (2)
RPresto (1)
rprimer (70)
rprintf (1)
rprojroot (149)
RProtoBuf (1)
RProtoBufLib (2680)
rpsftm (1)
RpsiXML (19)
RPtests (1)
RPushbullet (1)
rpx (246)
Rqc (264)
rqt (58)
rqubic (79)
rr2 (1)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
rrcov (16)
rRDP (62)
Rredland (2)
rredlist (1)
RRHO (97)
RRPP (1)
rrsq (1)
rrvgo (440)
rsample (16)
Rsamtools (22771)
rsamtools (0)
rsatscan (1)
rsbml (149)
RSclient (1)
rsconnect (62)
rScudo (49)
RSEIS (7)
RSelenium (1)
rsemmed (41)
RSeqAn (80)
Rserve (1)
rSFFreader (10)
RSiena (1)
rslurm (1)
rsm (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (0)
Rsmlx.2 (0)
RSNNS (0)
RSNPper (2)
rsnps (1)
Rsolnp (2)
rsparkling (1)
RSpectra (3)
Rspectra (1)
rspm (1)
RSQLite (162)
Rssa (0)
RsSimulx (1)
RsSimulx.1 (0)
rstan (11)
rstanarm (1)
rstanemax (1)
rstantools (11)
rstatix (19)
rstpm2 (1)
rstudio (1)
rstudioapi (143)
Rsubread (2260)
rsvd (8)
rsvg (3)
RSVSim (64)
rSWeeP (43)
Rsymphony (1)
rtables (2)
rTANDEM (18)
RTCA (56)
RTCGA (551)
RTCGAToolbox (586)
rtdists (1)
rtf (1)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (167)
RTNduals (83)
RTNsurvival (64)
RTools4TB (2)
RTopper (54)
Rtpca (43)
rtracklayer (20972)
Rtreemix (55)
rTRM (138)
rTRMui (60)
Rtsne (18)
Rttf2pt1 (2)
rtweet (7)
rubasic (1)
Ruchardet (1)
rugarch (2)
runibic (76)
RUnit (5)
runjags (1)
runonce (0)
Runuran (1)
ruODK (1)
rusinglecell (1)
Ruuid (4)
ruv (1)
RUVcorr (56)
RUVnormalize (64)
RUVSeq (934)
RUVseq (0)
RVAideMemoire (1)
Rvcg (1)
rvcheck (2)
RVenn (0)
rversions (44)
rvertnet (1)
rvest (56)
rvg (2)
Rvisdiff (20)
Rvmmin (1)
RVS (47)
RVtests (1)
Rwave (7)
RWebServices (4)
RWiener (1)
rWikiPathways (382)
rworldmap (1)
RxODE (1)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
Ryacas (1)
rzmq (2)

S

s2 (61)
S4Arrays (34025)
S4Vectors (54007)
s4vectors (1)
S4vectors (1)
saemix (1)
safe (604)
safeBinaryRegression (1)
safetyData (1)
safetyexploreR (1)
safetyMarginCalculation (0)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (50)
SAGx (17)
SAIGEgds (59)
samExploreR (8)
sampleClassifier (56)
sampleSelection (1)
sampling (1)
samr (5)
SamSPECTRAL (148)
sandwich (7)
sangeranalyseR (175)
sangerseqR (877)
SANTA (59)
santoku (1)
sapFinder (13)
saps (3)
SARC (24)
sarks (42)
sas7bdat (1)
saseR (5)
SASmixed (1)
sass (226)
SASxport (1)
satchel (1)
satellite (1)
satuRn (253)
SAVER (1)
savR (31)
SBGNview (160)
SBGNview.data (1)
sbgr (2)
SBMLR (64)
SC3 (406)
sc3 (0)
scagnostics (1)
Scale4C (47)
ScaledMatrix (11708)
scales (91)
scAlign (16)
scalreg (1)
scam (1)
SCAN.UPC (151)
scanMiR (73)
scanMiRApp (55)
scAnnotatR (124)
SCANVIS (59)
SCArray (75)
SCArray.sat (44)
SCATE (85)
scater (6665)
scatterD3 (1)
scatterHatch (39)
scattermore (21)
scatterpie (13)
scatterplot3d (39)
scBFA (52)
SCBN (75)
scBubbletree (46)
scCB2 (50)
scClassifR (3)
scClassify (84)
scclusteval (1)
sccomp (90)
sccore (1)
sccs (1)
scCustomize (1)
scda (1)
scda.2021 (1)
scda.2022 (1)
scDataviz (76)
scDblFinder (1340)
ScDblFinder (1)
scDC (0)
scDD (137)
scDDboost (41)
scde (338)
scDesign3 (31)
scds (489)
SCENIC (1)
sceptre (1)
SCFA (43)
scFeatureFilter (46)
scFeatures (62)
scfind (6)
scGate (1)
scGPS (53)
scGSVA (1)
schex (227)
schoolmath (1)
scHOT (64)
scico (1)
scidb (1)
scider (26)
scifer (49)
Scillus (1)
scImpute (1)
ScISI (20)
scistreer (7)
scLinear (1)
scMAGeCK (8)
scmap (259)
scMerge (488)
scMET (47)
scmeth (67)
scMitoMut (3)
scMultiSim (2)
SCnorm (92)
scone (106)
Sconify (50)
SCOPE (54)
SCopeLoomR (1)
scoreInvHap (53)
scoringRules (1)
scp (125)
SCP (1)
scPCA (85)
scPipe (130)
scplot (1)
scran (4627)
scReClassify (42)
scRecover (55)
screenCounter (36)
ScreenR (38)
scRepertoire (363)
scrime (5)
scRNAseq (1)
scRNASeq.spatial (0)
scRNAseqApp (60)
scruff (67)
scry (227)
scrypt (4)
scs (1)
scShapes (42)
scsR (13)
scTensor (122)
scTGIF (135)
scTHI (42)
SCtools (1)
sctransform (17)
scTreeViz (49)
sctrnasform (1)
scuttle (9699)
scviewer (1)
scviR (44)
sda (1)
SDAMS (52)
SDMTools (1)
sdtmchecks (1)
sechm (148)
secretbase (1)
secrets (1)
see (1)
seewave (0)
segmented (14)
segmenter (53)
segmentSeq (55)
selectKSigs (45)
selectr (1)
SELEX (50)
sem (0)
SemDist (48)
semEff (1)
semisup (44)
SemSim (2)
semsim (1)
semTools (1)
sen2r (1)
sendmailR (2)
sensitivity (1)
sensobol (1)
SEPA (6)
SEPIRA (29)
seq.hotSPOT (34)
seq2pathway (112)
seqArchR (81)
seqArchRplus (46)
SeqArray (896)
seqArray (1)
seqbias (80)
seqCAT (52)
seqCNA (56)
seqcombo (50)
SeqGate (40)
SeqGSEA (132)
seqinr (8)
seqLogo (3466)
seqlogo (0)
seqmagick (1)
seqminer (10)
Seqnames (0)
seqPattern (645)
seqplots (11)
seqsetvis (60)
SeqSQC (88)
seqTools (120)
sequenza (1)
SeqVarTools (444)
seriation (19)
servr (3)
sesame (654)
sesameData (1)
sessioninfo (29)
set6 (1)
SEtools (126)
setRNG (1)
sets (1)
settings (1)
seurat (1)
Seurat (39)
SeuratData (1)
SeuratDisk (1)
SeuratObject (27)
SeuratWrapper (1)
SeuratWrappers (1)
sevenbridges (61)
sevenC (48)
sf (54)
sfheaders (15)
sfsmisc (3)
sftime (1)
SGCP (105)
sgeostat (1)
SGP (1)
SGSeq (307)
shadowtext (14)
shape (29)
shapefiles (1)
shapes (1)
shapr (1)
SharedObject (143)
ShatterSeek (0)
SHELF (1)
shinipsum (1)
shiny (191)
shiny.gosling (5)
shiny.react (1)
shiny.router (1)
shiny.semantic (1)
shinyAce (1)
shinyalert (1)
shinyauth (1)
shinyauthr (1)
shinyBS (9)
shinybusy (9)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (2)
shinydashboardPlus (8)
shinydisconnect (1)
shinyEffects (1)
shinyepico (63)
shinyfeedback (0)
shinyFeedback (1)
shinyFiles (12)
shinyglide (1)
shinyhelper (5)
ShinyItemAnalysis (27)
shinyjqui (1)
shinyjs (5)
shinyloadtest (1)
shinyLP (2)
shinymanager (2)
shinyMatrix (1)
shinyMethyl (102)
shinyMobile (1)
shinypanel (7)
shinyscreenshot (4)
shinySelect (0)
shinystan (1)
shinyTANDEM (13)
shinytest (2)
shinytest2 (3)
shinythemes (2)
shinytoastr (1)
shinyTree (3)
Shinyusagelogr (1)
shinyvalidate (51)
shinyWidgets (79)
ShortRead (6222)
shortread (0)
showimage (1)
showtext (2)
showtextdb (1)
SIAMCAT (110)
SICtools (44)
SID (1)
sidap (0)
sigaR (14)
SigCheck (54)
sigclust (1)
sigFeature (203)
Sigfried (1)
SigFuge (54)
siggenes (3216)
sights (51)
Signac (11)
signac (1)
signal (1)
signature.tools.lib (0)
signature.tools.lib.back (0)
signature.tools.lib.v2.1 (0)
signature.tools.lib.v2.1.2 (0)
signatureSearch (211)
signeR (72)
signet (6)
signifinder (58)
SignifReg (0)
sigPathway (30)
sigpathway (0)
SigsPack (48)
sigsquared (47)
SIM (54)
SIMAT (52)
SimBindProfiles (58)
SimBu (59)
SimComp (1)
SIMD (47)
SimDesign (1)
simex (1)
SimFFPE (46)
similaRpeak (57)
SimInf (1)
SIMLR (247)
simona (40)
simpar (1)
simPIC (3)
simpleaffy (101)
simplermarkdown (1)
simpleSeg (68)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (709)
simputation (1)
simr (1)
SimSeq (0)
simsurv (1)
simulatorAPMS (3)
simulatorZ (9)
sincell (56)
single (45)
SingleCellAlleleExperiment (2)
SingleCellExperiment (14455)
SingleCelLExperiment (0)
SingleCellSignalR (249)
singleCellTK (237)
SingleMoleculeFootprinting (49)
SingleR (3803)
singleR (0)
SingleRBook (3)
singscore (1245)
SiPSiC (41)
sirnakit (1)
SIS (1)
siscreener (1)
SISPA (33)
sitadela (44)
sitePath (52)
sitmo (8)
sizepower (59)
SJava (5)
sjlabelled (1)
sjmisc (1)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (10)
sketchR (3)
SkewHyperbolic (2)
skewr (40)
skewt (1)
skimr (1)
skmeans (1)
slackr (0)
slalom (102)
slam (3)
sleuth (1)
SLGI (15)
slickR (0)
slider (14)
slingshot (1426)
slinky (6)
sloop (1)
slopeR (1)
SLqPCR (58)
sm (1)
smacof (1)
SMAD (45)
SMAP (47)
smartdata (0)
SmartEDA (1)
smartid (2)
smcfcs (1)
smfishHmrf (1)
SMITE (61)
smldesign (1)
smooth (1)
smoothclust (2)
smoother (0)
smoothHR (0)
smotefamily (1)
SMVar (7)
sn (11)
sna (2)
SNAData (2)
SNAGEE (53)
snakecase (18)
SnapATAC (1)
snapCGH (108)
snapcount (54)
snifter (132)
snm (165)
snow (10)
SnowballC (3)
snowfall (1)
snpar (1)
SNPchip (20)
SNPediaR (47)
SNPhood (55)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (0)
snpMatrix (9)
snpmatrix (1)
SNPRelate (1620)
snpStats (2255)
SOAR (0)
sodium (11)
softImpute (1)
soGGi (323)
soilDB (1)
sojourner (11)
solrium (1)
som (1)
SomaDataIO (1)
SomatiCA (10)
SomaticSignatures (182)
SomaVarDB (1)
SOMbrero (1)
sommer (1)
SOMNiBUS (51)
sortable (5)
sos (1)
soundecology (0)
SoupX (1)
sourcetools (42)
sp (81)
spacefillr (1)
SpaceMarkers (2)
SpacePAC (93)
spacetime (1)
SPACox (0)
spacrt (1)
spade (11)
spam (4)
spam64 (1)
spaMM (1)
Spaniel (73)
sparkline (1)
sparklyr (10)
SPARQL (1)
sparrow (119)
SparseArray (20055)
sparsebn (1)
sparseDOSSA (37)
SparseGrid (1)
SparseM (3)
sparseMatrixStats (15185)
sparsenetgls (44)
sparsepca (1)
SparseSignatures (53)
sparsesvd (17)
spaSim (54)
spatial (34)
SpatialCPie (72)
spatialDE (99)
SpatialDecon (173)
SpatialEpi (1)
SpatialExperiment (1527)
SpatialFeatureExperiment (149)
spatialHeatmap (148)
SpatialOmicsOverlay (59)
spatialreg (1)
spatstat (2)
spatstat.core (11)
spatstat.data (17)
spatstat.explore (22)
spatstat.geom (30)
spatstat.linnet (2)
spatstat.model (2)
spatstat.random (29)
spatstat.sparse (18)
spatstat.utils (19)
spatsurv (1)
spatzie (46)
spd (1)
spData (9)
spdep (2)
spec (1)
speckle (138)
specL (56)
SpeCond (69)
spectacles (1)
Spectra (1412)
SpectralTAD (86)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (2)
SPEM (69)
spgs (1)
SPIA (635)
SPIAT (101)
spicyR (180)
SpidermiR (89)
spikeLI (44)
spiky (43)
spillR (5)
spkTools (50)
splancs (7)
splatter (424)
splicegear (13)
spliceR (15)
spliceSites (14)
SpliceWiz (78)
SplicingFactory (39)
SplicingGraphs (89)
splines (1)
splines2 (1)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (70)
SPLINTER (58)
splitTools (1)
splots (210)
spls (1)
splus2R (2)
spocc (1)
SPONGE (64)
spoon (2)
SpotClean (86)
SPOTlight (209)
spotSegmentation (12)
SpotSweeper (2)
SPP (1)
spp (1)
spqn (49)
spsComps (1)
SPsimSeq (131)
SQLDataFrame (43)
sqldf (1)
SQUADD (48)
SQUAREM (2)
sRACIPE (59)
SRAdb (377)
sRAP (14)
SRGnet (7)
srnadiff (47)
sROC (0)
ssanv (1)
sscore (35)
sscu (47)
sSeq (170)
ssh (1)
ssh.utils (0)
ssize (86)
sSNAPPY (104)
SSPA (65)
ssPATHS (40)
ssrch (75)
ssviz (57)
stabledist (1)
stabs (1)
stageR (181)
stam (2)
STAN (16)
standR (110)
StanHeaders (11)
staRank (61)
StarBioTrek (58)
stargazer (1)
Starr (13)
stars (3)
starter (1)
startup (5)
startupmsg (0)
StatCharrms (1)
STATegRa (56)
Statial (60)
statmod (3)
statnet (1)
statnet.common (2)
stats (1)
stats4 (1)
statsExpressions (2)
statTarget (93)
STdeconvolve (118)
stdmchecks (1)
stdReg (1)
stepNorm (51)
stepwiseCM (9)
stevedore (1)
sticky (1)
stinepack (1)
stJoincount (55)
stopwords (1)
storr (1)
strandCheckR (49)
Streamer (57)
strex (1)
string (1)
STRINGdb (1109)
stringdist (18)
stringfish (5)
stringi (179)
stringr (173)
striprtf (1)
STROMA4 (32)
strucchange (1)
struct (148)
Structstrings (152)
structToolbox (101)
StructuralVariantAnnotation (208)
structuralvariantannotation (1)
styler (64)
SubCellBarCode (49)
subplex (1)
subselect (1)
subSeq (66)
SUITOR (39)
SummarizedBenchmark (54)
SummarizedExperiment (37464)
summarizedExperiment (1)
summarytools (1)
Summix (37)
sunburstR (1)
superheat (1)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supersigs (45)
SuppDists (1)
supraHex (429)
surfaltr (46)
SurfR (2)
survcomp (1040)
survex (1)
survey (2)
survival (139)
survivalROC (1)
survminer (2)
survMisc (2)
survMS (1)
survPen (1)
survPresmooth (1)
survtype (50)
Sushi (65)
susieR (18)
sva (7014)
svaNUMT (58)
SVAPLSseq (7)
svaRetro (58)
svd (1)
svDialogs (1)
svglite (25)
svGUI (1)
SVM2CRM (7)
SVMDO (101)
svMisc (1)
svUnit (1)
swagger (1)
swamp (1)
SWATH2stats (60)
SwathXtend (62)
swfdr (55)
Swiffer (1)
SwimR (11)
swirl (1)
switchBox (121)
switchde (53)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
sylly (1)
sylly.en (1)
symengine (1)
symphony (1)
synapser (1)
synapsis (40)
synapter (89)
synbreed (1)
synergyfinder (181)
SynExtend (50)
synlet (47)
SynMut (44)
syntenet (118)
Synth (1)
sys (155)
sysfonts (1)
systemfit (1)
systemfonts (150)
systemPipeR (1183)
systempiper (1)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (56)
systemPipeTools (53)
syuzhet (1)

T

table1 (1)
tableHTML (1)
tableone (1)
tables (2)
tabulizer (1)
tabulizerjars (1)
tadar (30)
TADCompare (81)
TailRank (3)
tanggle (60)
TAPseq (53)
tarchetypes (6)
target (44)
TargetDecoy (41)
targets (6)
TargetScore (62)
TargetSearch (66)
targetsearch (0)
TarSeqQC (15)
taskscheduleR (1)
TauStar (1)
taxize (1)
taxonomizr (1)
TBSignatureProfiler (62)
TCC (183)
TCGAbiolinks (3453)
TCGAbiolinksGUI (27)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAutils (855)
tcltk (1)
tcltk2 (1)
tclust (1)
TCseq (149)
TDARACNE (16)
TDbasedUFE (72)
TDbasedUFEadv (56)
TeachingDemos (1)
teal (1)
teal.builder.modules (1)
teal.code (1)
teal.data (1)
teal.logger (1)
teal.modules.clinical (1)
teal.modules.general (1)
teal.modules.sanofi (1)
teal.reporter (1)
teal.slice (1)
teal.widgets (1)
TEKRABber (103)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (6)
tensorflow (17)
TENxIO (48)
TENxPBMCData (1)
tenXplore (56)
TEQC (66)
tergm (1)
tern (1)
tern.gee (1)
tern.mmrm (1)
ternarynet (53)
terra (53)
terraTCGAdata (48)
tesseract (1)
testit (1)
testthat (240)
texreg (2)
text2vec (1)
textshaping (70)
TFARM (44)
tfautograph (1)
TFBSTools (3120)
tfbstools (0)
tfdatasets (1)
TFEA.ChIP (63)
TFHAZ (49)
TFisher (1)
TFMPvalue (8)
tfrmt (1)
tfruns (12)
TFutils (76)
tgp (1)
tgxWebservices (1)
TH.data (40)
thematic (5)
themeSanofi (1)
themis (1)
this.path (1)
threejs (1)
ThresholdROC (1)
tibbke (1)
tibble (122)
tictoc (4)
tidybayes (1)
tidybulk (192)
tidycensus (25)
tidyclust (1)
tidycmprsk (1)
tidyCoverage (3)
tidydr (1)
tidygraph (22)
tidyHeatmap (1)
tidyjson (0)
tidylog (1)
tidymodels (12)
tidyomics (3)
tidyposterior (1)
tidypredict (1)
tidyr (116)
tidyrules (1)
tidyselect (62)
tidySEM (1)
tidyseurat (1)
tidySingleCellExperiment (177)
tidySpatialExperiment (4)
tidySummarizedExperiment (314)
tidyterra (1)
tidytext (3)
tidytlg (1)
tidytree (38)
tidyTree (1)
tidyverse (16)
tidyvpc (1)
tidyxl (1)
tiff (3)
tigre (59)
tigris (24)
tikzDevice (1)
tiledb (1)
TileDBArray (45)
tilingArray (141)
timechange (72)
timecourse (68)
timeDate (29)
timeOmics (67)
TimeProjection (1)
timereg (1)
TimerQuant (0)
timescape (73)
timeSeries (7)
TimeSeriesExperiment (9)
timetk (2)
TimiRGeN (65)
Timma (1)
TIN (49)
TINC (0)
tinkr (1)
tinysnapshot (1)
tinytest (1)
tinytex (257)
tippy (1)
tis (1)
TissueEnrich (161)
TitanCNA (77)
titanic (1)
tkrgl (0)
tkrplot (1)
tkWidgets (1248)
tkwidgets (0)
TLMoments (1)
tLOH (44)
tm (1)
tmap (1)
TMB (32)
TMixClust (60)
tmle (1)
tmvnsim (1)
tmvtnorm (1)
TNBC.CMS (55)
TNO (1)
TnT (45)
TOAST (376)
toastui (1)
tofsims (8)
tokenizers (3)
tokupika (1)
tolerance (1)
tomoda (40)
tomoseqr (40)
tools (1)
toOrdinal (1)
TOP (42)
ToPASeq (7)
topconfects (166)
topdownr (70)
topGO (3031)
topgo (0)
topicmodels (1)
torch (1)
tornado (1)
ToxicoGx (63)
Tplyr (1)
TPP (89)
TPP2D (49)
tpSVG (3)
tracee (1)
tracktables (118)
trackViewer (478)
trackviewer (1)
tradeSeq (488)
tradeseq (1)
TrajectoryGeometry (38)
TrajectoryUtils (1824)
tram (1)
TraMineR (0)
transcriptogramer (60)
transcriptR (65)
transformGamPoi (66)
transformr (1)
transite (52)
translations (1)
tRanslatome (119)
transmogR (3)
transomics2cytoscape (46)
transport (1)
TransView (53)
TraRe (6)
traseR (49)
Travel (4)
traviz (56)
tree (1)
TreeAndLeaf (124)
treeclimbR (3)
treeio (19425)
treekoR (54)
treemap (1)
treemapify (1)
treespace (1)
TreeSummarizedExperiment (1471)
TREG (46)
trena (42)
TReNA (2)
Trendy (59)
TRESS (93)
triangle (1)
tricycle (203)
triebeard (3)
triform (15)
trigger (58)
trimcluster (0)
trio (95)
tripack (1)
triplex (53)
tripr (45)
tRNA (141)
tRNAdbImport (111)
tRNAscanImport (72)
TRONCO (68)
trtf (1)
truncdist (1)
truncnorm (4)
truncreg (1)
trust (0)
TSAR (18)
TSCAN (606)
tscR (22)
tseries (4)
tseriesChaos (0)
tsfeatures (3)
tsibble (1)
tsibbledata (1)
tsModel (1)
tsna (0)
tsne (1)
tsoutliers (1)
TSP (18)
tspair (15)
TSRchitect (11)
TSSi (13)
ttdo (0)
ttgsea (80)
TTMap (44)
TTR (4)
ttservice (1)
tufte (1)
tune (12)
tuneR (0)
tuneRanger (1)
TurboNorm (58)
TVTB (60)
twang (1)
twangContinuous (1)
tweeDEseq (131)
tweedie (1)
tweenr (12)
twilight (109)
twoddpcr (50)
TwoSampleMR (0)
twosamples (1)
txcutr (41)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (5)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene (0)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene (5)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene (1)
txdbmaker (76)
tximeta (1135)
tximport (3327)
tximportDat (1)
tximportData (1)
TxRegInfra (7)
txtq (1)
TypeInfo (48)
tzdb (84)

U

uatools (1)
UCell (1164)
uchardet (1)
ucminf (2)
UCSC.utils (499)
udunits2 (1)
ufs (1)
Ularcirc (60)
umap (10)
UMI4Cats (56)
unbalanced (0)
uncoverappLib (54)
UNDO (71)
unifiedWMWqPCR (56)
UniProt.ws (420)
uniqueAtomMat (0)
Uniquorn (53)
unitizer (1)
units (66)
universalmotif (479)
unmarked (1)
unrtf (1)
updateObject (41)
UPDhmm (2)
UpSetR (1)
uqot (1)
urca (2)
urlchecker (1)
urltools (1)
uroot (0)
usdm (1)
useful (1)
usethis (97)
usmap (1)
usmapdata (1)
uSORT (46)
UTAR (0)
utf8 (207)
utils (1)
utilsRmd (1)
utilsStuff (1)
uuid (120)
uwot (34)

V

V.PhyloMaker2 (1)
V8 (22)
VAExprs (41)
validate (1)
VAM (1)
VanillaICE (183)
vaplot (1)
vapour (0)
VarCon (42)
variables (1)
variancePartition (910)
VariantAnnotation (9331)
variantannotation (1)
VariantExperiment (52)
VariantFiltering (87)
VariantTools (164)
VariantWarehouseBMS (1)
varImp (1)
vars (1)
vasp (3)
VaSP (54)
vaultr (1)
vbmp (70)
VBsparsePCA (1)
vcd (2)
VCFArray (59)
vcfR (1)
vcr (1)
vctrs (312)
vdbR (1)
vdiffr (2)
VDJdive (45)
Vega (11)
VegaMC (54)
vegan (4)
vegawidget (1)
velociraptor (112)
velocyto.R (1)
veloviz (46)
vembedr (1)
vendormetadatahelpers (1)
venn (8)
VennDetail (213)
VennDiagram (1)
venneuler (1)
VERSO (44)
VGAM (12)
VGAMextra (1)
vhydeg (0)
VIBER (0)
vidger (97)
VIM (1)
vimp (1)
VineCopula (1)
vioplot (0)
vip (1)
viper (711)
vipor (9)
viridis (133)
viridisLite (115)
viridislite (0)
virtualArray (6)
visdat (1)
ViSEAGO (121)
VisiumIO (4)
visNetwork (3)
visR (1)
vissE (98)
vistime (31)
vitae (1)
Voyager (98)
vpc (1)
VplotR (57)
vroom (158)
vscDebugger (1)
vsclust (49)
vsn (5187)
vtpnet (73)
vulcan (61)

W

waddR (52)
waffle (1)
waiter (10)
wakefield (1)
waldo (169)
warp (10)
wateRmelon (734)
wavClusteR (57)
waveslim (0)
waveTiling (15)
wdm (1)
wdman (1)
weaver (59)
webbioc (62)
webchem (1)
webdriver (1)
webfakes (1)
WebGestaltR (1)
webmockr (1)
webp (1)
webshot (28)
webshot2 (2)
websocket (1)
webutils (1)
WeightIt (1)
weights (2)
WeightSVM (0)
weitrix (48)
WES.1KG.WUGSC (1)
wesanderson (1)
WGCNA (11)
WGScan (1)
WGSmapp (0)
whereami (0)
whisker (63)
whitening (1)
whoami (1)
widgetInvoke (2)
widgetTools (1249)
widgettools (0)
wiggleplotr (166)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (1)
wikitaxa (1)
wildmeta (1)
winboxr (1)
withr (218)
wk (64)
wmtsa (1)
wordcloud (1)
wordcloud2 (1)
workflowr (1)
workflows (11)
workflowsets (10)
WorldFlora (1)
worrms (1)
wpm (51)
wppi (43)
wrapr (1)
Wrench (1624)
writexl (12)
WriteXLS (2)
wrMisc (1)
WRS2 (1)

X

xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
xbioc (1)
XBSeq (9)
XCIR (4)
xcms (1744)
xcore (47)
XDE (60)
xdg-utils (0)
Xeva (56)
xfun (302)
xgboost (43)
xgxr (1)
XIFF (1)
XINA (42)
XLConnect (1)
XLConnectJars (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
xmapbridge (50)
xmapcore (3)
XML (86)
xml2 (192)
xmlparsedata (1)
XNAString (47)
xopen (1)
xpose (1)
xpose.nlmixr2 (1)
xpose4 (1)
xps (15)
xrf (1)
xslt (1)
xtable (2)
xts (13)
XVector (46849)
XVectorb (0)

Y

y2hStat (1)
yaImpute (1)
yaml (139)
yamss (60)
YAPSA (76)
yaqcaffy (15)
yardstick (16)
yarn (135)
ylab.utils (1)
ymlthis (0)
yspec (1)
yulab.utils (43)

Z

zCompositions (8)
zeallot (1)
zellkonverter (1018)
zelusutils (1)
zen4R (1)
zenith (128)
zFPKM (105)
zinbwave (877)
zingeR (1)
zip (150)
Ziploc (1)
zli (1)
zlibbioc (49564)
zoo (28)
ZygosityPredictor (40)